起义兴起
1899年，山东平原县知县蒋楷镇压义和团，当地义和拳首领李长水请求荏平、高唐等地的义和拳首领朱红灯支援，朱红灯在杠子李庄整齐队伍正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”旗帜。10月11日，蒋楷率领勇役数十人前来镇压，被义和拳打败。这次事件后来被称为“平原起义”。后来清廷加派袁世敦等人前来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。其后清军游击马金叙活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。
1899年，袁世凯在济南就任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，在其任山东巡抚后严格限制义和团的活动，并从1900年6月开始血腥镇压复起的义和团。在山东遭遇不利情况后，义和团开始向直隶等地转移。5月22日，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为“涞水大捷”。这次戕官事件使清廷大为震惊。随后的1900年5月27日，直隶中部芦保铁路沿线约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城。在此之后，清政府又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次交战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛”的局面。
列强介入
袁世凯带领北洋新军在山东大力镇压义和团。毓贤离职后到北京觐见慈禧太后，向她提出招安义和团；之后获得调任山西巡抚。戊戌政变后完全控制朝廷的慈禧，对西方反对她废黜光绪感到十分不满。1900年1月，慈禧不顾西方外交人员的抗议，发布维护义和团的诏令。直隶总督裕禄于是由本来剿灭义和团，转变成扶助义和团。除了向团民发放饷银外，裕禄还邀请义和团的首领大师兄到天津开坛聚众。于是山东的拳民涌入直隶。朝中庄亲王载勋、端郡王载漪、辅国公载澜亦主抚义和团，向洋人开战。
1900年，天津的各国领使组织二千人的联军，由英国的海军司令西摩尔带领，乘火车增援北京十一国公使馆。因为铁路被拳民破坏，西摩尔受阻于天津城外的杨村、廊坊一带，与清兵及义和团展开战斗不利，退回城中，致使第一次试图解除清兵和义和拳民对公使馆的围困失败。该战事被清政府及义和团认为是一次抗击外敌的重大胜利，并被命名为“廊坊大捷”。
1900年6月13日，义和团进入内城，在北京放火烧掉教堂和一切与西洋有关的事物。除了屠杀教民外，义和团更滥杀无辜，诬指许多市民(包括许多妇女小童)为白莲教而烧死戮死，义和团、京师禁军和甘军也肆意奸杀妇女，不计其数。除了屠杀奸淫外，义和团及清军也掳掠洗劫商户平民，并将赃物公开拍卖。当时的权贵之家也不能幸免，是日慈禧召开御前会议后，一度发出勒令解散拳民的上谕。1900年6月17日，联军攻占大沽口炮台。慈禧收到此消息的同时，得到虚假情报，以为外国的要求她归政于光绪。慈禧态度作出一百八十度转变，转为支持义和团及向洋人开战。命刚毅、载漪、载勋、载濂、载澜统领义和团，载勋任步军统领九门提督。
对外宣战
1900年6月21日，清政府以光绪的名义，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奥十一国同时宣战。清廷向各国宣战的同时，也悬赏捕杀洋人。1900年7月14日，联军占领了天津；直隶总督裕禄兵败后自杀。至1900年8月16日晚，八国联军已基本占领北京全城。慈禧及皇室在北京陷落之后立即仓皇离开，逃到西安。
东南互保
在清政府尚未向各国宣战时，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章、铁路大臣盛宣怀、山东巡抚袁世凯、闽浙总督许应骙等即商议如何保存东南各省的稳定，避免列强有借口入侵；同时密议盘算倘若北京失守而两宫不测，当由李鸿章作总统支撑局面。清政府向十一国宣战后，刘坤一、张之洞、李鸿章，和闽浙总督许应、四川总督奎俊、山东巡抚袁世凯，即和外国达成地方上的协议，称东南互保。他们称皇室诏令是义和团胁持下的“矫诏、乱命”，在东南各省违抗支持义和团的命令。
而清朝皇室逃往西安途中，就已命令各地官兵剿灭义和团。1900年9月7日，清廷发布上谕，称“此案初起，义和团实为肇祸之由，今欲拔本塞源，非痛加铲除不可”。中外势力的联合导致了义和团运动的失败，义和团组织迅速消亡。
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