咸丰和同治年间，是清王朝成立以来最危险的时候，内部主要有四股反清势力：太平天国运动席卷大半个中国，严重动摇了清王朝统治；中国西北也危在旦夕，英国、沙俄觊觎新疆，中亚浩罕汗国军事头目阿古柏在英国支持下率大军入侵新疆，在这里建立伪政权，沙俄入侵伊利；捻军在安徽、山东、河南、江苏四省也发动起义；另一个事件，影响力也非常大，但常常不被人重视或提起，它就是同治回乱（1862-1873）。
同治回乱，历史学家把它定义为于同治年间发生在陕西、甘肃、宁夏、青海等西北地区的一场反清起义，是一场义举。然而，这次回乱却并不简单，其重要性甚至可以与太平天国运动相比较，因为持续时间长达11年，死亡人数超过2500万人。在西方史学家眼中，同治回乱被称作“东干战争”。
自唐朝开始，信奉伊斯兰教的阿拉伯和波斯的穆斯林商人陆续由海路来华，并在中国定居，娶妻生子，繁衍后代，如今回族是我们五十六个民族之一，目前人口有1000万。
18世纪，甘肃的穆斯林神职人员在阿拉伯半岛的麦加朝觐期间接受并学习了新的伊斯兰教理论，引入伊斯兰神秘主义教派苏菲派（al-Sufiyyah），回到中国后积极传播，并在中国西北回民中创立了虎夫耶和哲合忍耶教派，称为“新教”教派，得到广大穆斯林的热烈欢迎与支持，这是陕甘回乱宗教屠杀的精神武器。
到乾隆时期，穆斯林中出现了一种政教合一的门宦制度，上有教主、道堂，下有清真寺，教主一呼百应，教徒惟命是从，规模也达到空前，这引起了朝廷的警惕。另一方面，由于土地兼并和政治腐败，回民和清政府、汉人之间矛盾越来越严重，为了防范穆斯林叛乱，清政府对回民实行了严酷统治，回民遭到清政府歧视和排斥，因此激起了西北回民的激烈对抗，直接后果就是回族和汉人之间的疯狂屠杀。
1862年，回乱首先在陕西爆发，从云南回民起义回到陕西华县的两名穆斯林阿訇——任五和郝明堂，率先组织陕西回民向清廷发动战争，目的是在中国西北建立一个穆斯林国家。
当时因为清廷在陕西防守空虚，部队被调往镇压太平天国，陕西巡抚只好派遣陕西团练大臣、同治皇帝的老师张芾去劝说回民，缓解压力，想尽一切办法冰释前嫌。刚开始劝说还算顺利，但突然发生了一件令人震惊的事情，任五和郝明堂宣布在张芾轿子里发现了一张纸条，上书“秦不留回”，意思是陕西人要杀光回民。一时间，回民群情激昂，他们抓住张芾，对他严刑拷打七天七夜，还逼其承认“朝廷要杀光回民”，七日后张芾被斩首示众，堂堂同治帝帝师，就这样稀里糊涂的死于回民之手。
“秦不留回”其实是任五和郝明堂故意栽赃，目的是为了挑起回民与朝廷对抗。
紧接着任五和郝明堂组织了陕西30万回民，在关中针对汉民族展开了惨绝人寰的大屠杀。清政府紧急调动河南提督成明率8000人支援陕西，不敌，又急调胜保从京师出3万人增援陕西，因屡战屡败胜保被慈禧赐死。接着又急调荆州将军多隆阿增援陕西，才把陕西回民赶到甘肃东部。
宁夏的马化龙是回民之乱的领袖，他祖父和父亲是哲赫忍耶苏菲学派的第三代和第四代教主，马化龙祖父曾被清廷以“夜聚明散”为由抓捕，后来被折磨致死，马化龙年少时生活贫苦，长大后成为第五代教主。在陕西、甘肃、云南回民起义时，马化龙在宁夏也发起回民叛乱，并成为西北回民叛乱指挥中心。
西北回民后来组建18大营回民民兵。18营回民继续在甘肃、陕西与清军对抗，同时大规模屠杀汉人。这18营中有个很出名的人物，他就是白彦虎，在甘肃33次大屠杀中，他参与了29次。
直到1866年，太平天国运动平定后，清政府度过了最严重的危机，得以抽出身来镇压西北回乱，清廷调闽浙总督左宗棠为陕甘总督、钦差大臣，督办陕甘军务。
1868年底，左宗棠率10万大军，兵分三路进攻甘肃，鉴于回民对汉民族的大屠杀，左宗棠对回民也采取了非常的镇压手段。左宗棠前后用了5年时间，直到1873年才彻底平息了西北回乱。
在回民之乱中，总共死亡人数超过2500万人，其中2000万（一说2200万）汉民族被回民屠杀，回民也被汉民族和清军杀死了500万人。
马化龙投降清军，鉴于其影响力被左宗棠处死，白彦虎逃到新疆，投靠阿古伯势力，后来在左宗棠收复新疆时打败白彦虎，白彦虎带领回民几千人逃到中亚，在这里落地生根，100多年来，这些人依然保留旧习俗，说陕西话。
甘肃河州回民领袖马占鳌于1871年投降左宗棠，左宗棠非但没杀他，还给他封了官职，并任其保留部下武器等，马占鳌集团得以在甘肃割据下去，这就是后来的西北五马的由来，这股盘踞势力久居西北70多年，直到1949年我人民解放军一野进军大西北，在彭德怀的铁钳猛攻下，才土崩瓦解。
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