1、编制不一样。行政机关工勤人员使用的是工勤编制，干部使用的是行政编制。事业单位人员全部使用事业编制，不管是干部身份，还是工人身份；不管是管理岗位、专业技术岗位，还是工勤岗位；不管是参公事业单位，还是非参公事业单位，所有事业单位的人员，使用的都是事业编制。
2、岗位不一样。行政机关工勤人员只能在工勤岗位工作，像司机、会计、打字员、后勤服务人员等，不仅不能混编（工人只能使用工勤编制，不能使用行政编制，哪怕行政编制有空缺而工勤编制不够用），也不能混岗。
实行聘用制管理的事业单位，就不存在混岗混编。编制一样，都使用事业编制。岗位通用，所有人员只要条件符合，随时可以转岗。不管是干部，还是工人，不管原来在那个岗位，只要有条件，就可以转岗，工勤人员可以转到管理岗位，也可以转到专业技术岗位。
3、改革前景不一样。行政机关的工勤编制，仅供目前在编在岗工勤人员使用，随着自然减员，随空随销，直至取消。今后，行政机关只有行政编制一种编制类型，不会再存在工勤编制，工勤人员承担的服务由政府购买代替。
事业单位工勤岗位会长期存在。首先，退役军人安置，是目前工勤人员最主要的来源。退役军人安置政策，会长期执行，因而工勤人员来源不断，工勤岗位依然会继续存在。其次，事业单位主要承担的公共服务和公益服务职能，工勤岗位有存在的合理性和必要性。
4、其它不一样的还有：行政机关的工勤人员享受公车补贴，事业单位公车改革还未开始，享受车补遥遥无期。
单论都在编并且都在工勤岗，行政工勤比事业工勤每个月多几百车补，但事业工勤可以通过转岗上专技和管理岗，这两个岗位工资比工勤岗待遇好，行政工勤就不能转了。所以如果没希望转岗的话，行政工勤比事业工勤好，学历高可以转岗的话肯定是事业工勤有发展空间。
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