当代史学家在研究新约的时候，常常使用的一个标准为“尴尬”，即圣经中那些令基督徒——尤其是早期基督徒——所难以忍受的故事更有可能是真实发生的事件，或其中包含更多现实的元素，因为一个人没有理由去编造虚假的故事来中伤自己。而四部福音书中成书最早，风格也是最为粗砺的马可福音，就收录了许多可能令基督徒语塞而无神论者发笑的故事（在基督徒的观点中，马太福音可能最早，然而几乎所有现代史学家都已默认马可福音为最早的福音书）。
首先，不同于其他三部福音书，原本的马可福音不存在耶稣复生后的故事。现今所流通的圣经中，马可福音在16：9-20中记录了耶稣复活后的神迹，然而即使是当今的许多神学家，也不得不承认这十二段的故事系后世伪造，而非马可福音本来所包含的篇章。于是原本的福音书便在16：8戛然而止，留下了一群听到耶稣复生传闻而惊慌的女人作为整个故事的结局。
有些史学家和神学家认为马可福音的作者在完书前不幸逝世，或者16：8之后的篇章于流通中不幸散佚，因此当代人只能看到一个怪异的故事结局。但更多史学家坚信马可福音的16：8即是正式完结，原因在于耶稣已死，一个死去的人不可能再做出什么神迹；即便耶稣成功复活，至少也没人再见过这位上帝之子，所以马可福音的作者无从知晓耶稣复活后的故事，最多也只能记载一群女人听到过耶稣复活的传闻。此外，也有学者认为，马可福音的作者一直在强调耶稣被怀疑的主题，在这部福音书中即使是耶稣最忠心的使徒也不能明确理解他的言行，更是在耶稣被捕后逃之夭夭，所以耶稣死后无人遵照指示去寻找复活的圣子，而耶稣也并无强烈意愿去面见这群不能理解他的信众。按照这种说法，马可福音的作者虽然坚信耶稣已经复活，但他却故意把十二使徒和其他教徒放在了一个非常尴尬的境地。
无论作何解释，马可福音“非正常”的结局似乎都令后代的基督徒十分不安。因此，不仅其他三部福音书的作者各自补足了耶稣复活后的故事，一些匿名的信徒还在其他福音书的帮助下，为马可福音添加了一个“合情合理”的结局，以避免招惹更多人对耶稣的非议。
而除了从未记载耶稣复活的故事以外，马可福音还记录了耶稣临死前那癫狂的精神状态。根据马可福音15：34-37的内容，耶稣在临死之际大声质问上帝为何抛弃了自己，而其生命也在反复大声叫喊之中突然终止。
毫无疑问，本该全知全能的耶稣完全不该为了自己的死亡而感到惶惑。显然，马可福音中的耶稣并不了解自己为何会受死，同样也不知道他身后的使命，否则他绝不会以一种不符合上帝之子身份的态度，惊恐地死去。而在其他三部福音书中，路加福音与约翰福音中的耶稣早已知晓自己的命运，并以镇定的态度接受了死亡；而马太福音虽部分沿用了马可福音的记录，但其作者又描述了一场随之而来的地震与圣徒的大规模复活，因此无论是耶稣受难的当事人还是读者，都立刻意识到了耶稣就是真正的上帝之子。
除了上述两条最为明显的争议，马可福音中还包含着许多其他大大小小的“尴尬”故事。比如说马可福音记载耶稣口吐唾液治疗瞎子，但瞎子并未被治好，耶稣也不得不再次“作法”医治对方。马可福音6：5还记载了耶稣返乡发生的奇怪事情，即“耶稣在那里不得行什么异能”（και ουκ εδυνατο εκει ποιησαι ουδεμιαν δυναμιν），然而对于圣子来说，似乎不该有任何能阻止他施展力量的事情。此外，根据一些古老版本的马可福音，耶稣在第一章节治疗麻风病人时动了怒火，但在如今流通的圣经里耶稣却变得满怀慈悲。而在第十一章里，耶稣饥饿，但他在一棵无花果树上找不到果实，于是他愤而诅咒了这棵无辜的果树。
诚然，所谓的尴尬标准并非尽善尽美，关于这一标准的争论也从未休止。譬如说，假使马太福音的作者能够忽略马可福音中的唾液治疗，为何他不能修改耶稣死前的惊惧？也许在公元一世纪，人们并不会因为耶稣表现出激动的情绪而轻视他？但抛开复杂的讨论不说，马可福音一直是圣经研究中敏感地区，即便一些信徒因为信仰坚定而不会对马可福音存有异议，从古至今却从不缺乏忧虑的神学家通过篡改文本，或者异想天开的解释来掩饰马可福音中的尴尬。
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