目前所知最早记载钟馗其人其事的是唐代卢肇的《唐逸史》：开元年间（713—741），唐玄宗病中梦见一小鬼盗走玉笛以及杨贵妃的绣香囊。玄宗大怒，正要派武士驱鬼，忽见一大鬼奔进殿来。此鬼蓬发虬髯，面目可怖，头系角带，身穿蓝袍，皮革裹足，袒露一臂，一伸手便抓住那个小鬼，剜出眼珠后一口吞了下去。玄宗骇极，忙问是谁?大鬼向玄宗施礼，自称是终南山钟馗，高祖武德年间，因赴长安应武举不第，羞归故里，触殿前阶石而死。幸蒙高祖赐绿袍葬之，遂铭感在心，誓替大唐除尽妖魅。唐玄宗醒后，病也霍然而愈。玄宗令画家吴道子按其梦中所见画一幅钟馗图。图成，唐玄宗在画上批曰：“灵祗应梦，厥疾全瘳，烈士除妖，实须称奖；因图异状，颁显有司，岁暮驱除，可宜遍识，以祛邪魅，益静妖氛。仍告天下，悉令知委。”有司奉旨，将吴道子《钟馗捉鬼图》镂板印刷，广颁天下，让世人皆知钟馗的神威。
卢肇是唐武宗会昌三年（843年）的进士，距开元时代已有一百多年，所叙未必是事实。但是皇帝赐给大臣钟馗画像作为新年礼物是盛唐以来的惯例，开元时的名人张说及刘禹锡等，都有谢赐钟馗图和历日表的作品传世。另外，人们还在敦煌遗书中发现了唐写本《除夕钟馗驱傩文》，是为钟馗已在大傩仪中扮演主角的实证。凡此，可见钟馗信仰至晚从盛唐起已成为全社会的风尚。所以，也有人估计钟馗故事的起源可能早于唐代。
在钟馗俗信兴盛未艾的热流中，北宋沈括首先对唐玄宗梦钟馗的故事提出质疑：宋仁宗皇祜年间（1049—1054），金陵上元县曾发现一处古冢，乃南朝宋征西将军宗悫母郑夫人墓，由碑文可知，宗悫有妹名叫钟馗。
钟馗的名字来源久远，并不是从开元那个时候开始的，后魏有李钟馗，隋将有乔钟馗、杨钟馗。明朝郎瑛、胡应麟等也这么认为，郎瑛认为钟馗的原型就是北朝人尧暄，其人本名钟葵，字辟邪，“馗”乃“葵”字讹传，由于他表字“辟邪”，所以后人才附会出捉鬼的故事。胡应麟提出，钟馗捉鬼的传说“盖自六朝之前固已有之”，所以尧暄曾取名钟葵而字辟邪，南北朝时名叫钟馗的人很多，可能都是这个意思。
明代杨慎和清代顾炎武、赵翼等根据《周礼·考工记》“大圭，长三尺，终葵首”、《方言》“齐人谓椎为终葵”等资料，认为所谓钟馗系由“终葵”演变而来。“终葵”是一种利器——椎，“大圭”是古时天子的仪仗，上端形状像椎，故云“大圭终葵首”。齐人说话迟缓，把“椎”的发音拖成了两个音节，乃成“终葵”。古人以椎为作战的利器，故《后汉书·马融传》中有“翚终葵，扬关斧”的描绘。“盖古人以椎逐鬼，若大傩之为耳”（《日知录》卷三十二《终葵》）。南北朝时许多人取名钟葵或钟馗，是希望像古人用以刺鬼的武器终葵（即利椎）那样，令所有的鬼魅望而生畏，这种意义到了唐代最终传变为人格化的“钟馗”。近年来随着秦汉文书大量出土，古代盛行以椎击鬼的事实已被证明。如秦简《日书·诘篇》云，人被哀鬼缠上，可“以棘椎、桃秉（柄）以敲其心，则不来”；西汉帛书《五十二病方》也记有用铁椎击鬼治病的法术，有人认为顾炎武对钟馗起源的解释是可信的。
何新认为钟馗本来就是人名，与所谓“椎”或“终葵”没有什么关系。钟馗的原型，是商汤时的巫相仲傀，他的名字在《尚书》、《左传》、《荀子》中又作“仲虺”、“中归”、“中垒”。商人事鬼，政官都兼巫祝，仲傀为巫相而兼驱鬼之方相。傀者，面具也；驱鬼必戴面具，面具之形甚多，因而发生仲傀多首的传说。仲傀以同音演变为仲虺，虺乃神话中的怪蛇，于是仲虺又演变为九首巨蛇之“雄虺”（《天问》）、食魅之“雄伯”（《后汉书·礼仪志》），连《山海经》佚文中阅领众鬼的“郁垒”，实际上也是仲傀与雄虺传说的又一变形，郁垒即中垒的变称。要之，由驱鬼之巫相的真人仲傀，变为食鬼怪兽钟馗，变形愈繁，去真相愈远，但也留下一丝痕迹：古人命名常以字释名，钟馗之“馗”乃“九首”合文，《天问》：“雄虺九首”，则仲虺以“虺”作名，而“馗”——九首，或即其人之本字也（《文史新考·钟馗考》）。
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