个税专项附加扣除，可以通过扣缴义务人按月预扣预缴，年度汇算清缴要在次年3月1日至6月30日个人自行办理汇算清缴。个人操作流程如下：
远程办税端—APP端
2019年1月1日正式发布远程办税端：
国家税务总局发布的手机APP“个人所得税”& 各省电子局网站
第一步，实名注册
税务机关将于2019年1月1日正式发布远程办税端，远程办税端，主要包括国家税务总局发布的手机APP“个人所得税”和各省电子局网站。大家只需要下载这些远程办税端“个人所得税”APP，通过实名注册，获取登录用户名和密码，进入软件操作界面，就可以看到专项附加扣除信息的填报界面了。
第二步，填写个人所得税专项附加扣除信息表
当您完成“个人所得税”APP实名注册后，您可以按照如下步骤填报专项附加扣除信息。
1. 首页选择“我要申报专项附加扣除”
2. 填写或确认基本信息
3. 填写专项扣除信息
4. 填写其他信息
第三步，选择申报方式并提交个人所得税专项附加扣除信息
申报方式包括综合所得年度自行申报、通过扣缴义务人申报。
1.纳税人选择申报方式为“综合所得年度自行申报”，则直接向税务机关提交信息，在年度自行申报时才能享受扣除，扣缴单位无法获取到该种申报方式的专项附加扣除信息；
2. 纳税人选择申报方式为“通过扣缴义务人申报”，则单位在使用扣缴端软件时，在“专项附加扣除信息采集”模块，选择需要同步的专项项目，点击【更新】，可以获取选择企业扣缴申报的员工的专项附加扣除信息；这种方式下，纳税人可以在预扣预缴期间享受扣除。
通过远程办税端直接向税务机关提交信息，但仍希望在扣缴单位办理专项附加扣除的。这时，税务机关将根据纳税人的选择，把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位在使用扣缴端软件时，在“专项附加扣除信息采集”模块，选择需要同步的专项扣除项目，点击更新，即可以获取员工已经报送的专项附加扣除信息。
扣缴单位根据大家提交的专项附加扣除信息，按月计算应预扣预缴的税款，向税务机关办理全员全额纳税申报。如果未能及时报送，也可在以后月份补报，由单位在当年剩余月份发放工资时补扣，不影响大家享受专项附加扣除。
需要再次提醒，如果选择在单位按月享受专项附加扣除政策，是不包括大病医疗扣除的。大病医疗支出第二年度3月1日到6月30日汇算清缴时再扣除。
通过远程办税端直接向税务机关提交信息，也直接选择在税务机关办理专项附加扣除的，税务机关会在汇算清缴期内，根据已提交的专项附加扣除信息及纳税申报信息，办理专项附加扣除。
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