唐朝灭亡后，五代、宋、辽、金代，西域成为回鹘王国、于阗王国和喀喇汗王朝分离主义政权。10世纪末年至11世纪初年，喀喇汗王朝年先后摧毁首都布哈拉萨曼王朝，占领河中地区。在天山南部于阗区域，有一个以和田为中心的“于阗李氏王朝”区域。它的“佛教”在“佛教”向东向大陆传播的过程中占据了主导地位，并发挥了重要作用。
唐朝年前后，尉迟家族统治了于阗地区。公元912年，尉迟僧乌波继承了于阗王后，称自己为唐朝的附属国，将姓尉迟改为唐朝李氏，称自己为李圣天，采用了汉地年的年号和机构官员制度。宋朝年成立后，他派了许多使节进贡。世纪初，于阗王国在喀喇汗王朝的领土扩张中灭亡。喀喇汗王朝的领土向东南延伸至昆仑山和阿尔金山，与西夏王朝相邻，并在11世纪的上叶向东和西跨越葱岭成为大汗国。
11世纪中期、河中地区的领导人脱离了喀喇汗的统治，喀喇汗国分裂成东西两个部分，由于历次的内务斗争和封建领地的租界，国力逐渐下降。1089年，塞尔柱王朝占据了布哈拉和撒马尔罕，使西部喀喇汗王朝成为它的依赖。12世纪年上半年，东部喀喇汗王朝成为西辽王朝的附属物。1141年，西辽王朝，塞尔柱王朝爆发了卡特万草原的全面战争。
塞尔柱军队从河中地区撤退，西部喀喇汗王朝成为西辽王朝的附属物。直到13世纪初、西辽王朝下降，东西部下降喀喇汗王朝。喀喇汗王朝年是中国年历史上游牧生活向定居农业生活的过渡时期。“回鹘族”等游牧民族由“突厥语”向“突厥语”的过渡，加速了“西域”土著民族土化进程。
此外，“突厥语”逐渐取代了古印欧语系的“西域”，封建制度最终建立在“西域”汗国。喀喇汗王朝实行“米尔克”、“土地所有制”政策，可以减少劳动者的赋役，极大地促进了当地农牧业、手工业和商业的发展，加快了城镇化进程。在布哈拉和喀什噶尔等城市已经建成了许多宏伟的建筑，其中一些仍保留着原有的特色。同时，喀喇汗王朝接受伊斯兰教，成为历史上第一个接受伊斯兰教突厥语的王朝。
根据穆斯林，公元960年，伊斯兰教的历史记录，被指定为喀喇汗国的民族宗教，20万游牧民族转变为伊斯兰教。+从那时起，伊斯兰教已经蔓延到中国并扎根，并逐渐取代了天山的主导地位，与南地区佛教的优势地位相同，直到数百年。同时，迫使袄教、摩尼教、景教等宗教退出。国家宗教全面实施的神奇力量也促使游牧民族开始了伊斯兰化进程。在民族异化和融合的过程中，创造了前所未有的新文化，这种新文化的核心是维吾尔族文化，奠定了现代新疆文化的格局。同时，喀喇汗王朝与王朝一辽、宋、高昌都在中国土地上保持着良好的政治经济联系，为中亚贸易的发展和中西文化的传播架起了桥梁。
然而，另一组迁移的维吾尔人建立了高昌回鹘王国，最初分别由西州和龟兹分割和统治，后来统一，历史上称为高昌回鹘王国。10世纪初，高昌回鹘王国附件辽，每年至辽贡品。其与辽的接触更多地集中在经济接触上。在辽上京和南京有许多维吾尔商人擅长识别珠宝，因此他们成为买卖活动的中间人和牙齿。辽政权从宋朝中取出一些钱币，用回鹘大篷车运到中亚和欧洲，以换取一些稀有物品。同时，维吾尔王国还赠送了佛牙等宋朝件物品和琉璃器件，宋朝派使节访问高昌件，建立了一定的政治经济关系。
1125年年，晋国取代了北方辽中国的统治，迫使辽皇室耶律大石在1124年漠北定居，然后进行了西征，与叶密立年成为皇帝。高昌回鹘王国成为西辽王朝直接统治的附庸。耶律大石征服了花剌子模国，建立了一个强大的西辽帝国。因此，耶律大石契丹人的后代为西域的民族融合注入了新鲜血液。13世纪年上半年，西辽政权最终死于西进蒙古国政权。随着蒙古的入侵，高昌王于1209年转向成吉思汗并与他的公主结婚。后来，随着军事远征西夏，它做出了巨大的贡献，成为蒙古附庸国，并幸存下来。在13世纪70年代察合台汗王杜瓦叛乱之前，高昌国王不得不带领一些维吾尔人搬到河西走廊永昌地区，仍然被称为高昌国王。高昌和察合台汗国吞并了辉河王国。
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