明教高手众多，组织严密有序，拥有多达百万的教众，可以说是武林中数得上的大门派，但是却不被中原武林所喜，甚至被称为魔教。六大门派围攻明教总坛光明顶，人人都觉得消灭魔教是为武林除害，是极其正义的一件事。就连一向胸襟开阔的张三丰也为误救明教之人而后悔。这究竟是为什么？
首先，有明教自身的原因。明教的教义以及明教众人的行事风格决定了他们必然被称为魔教。
明教信奉光明，这就与当时中原流行的佛道二教相违背，不被人们接受。明教众人崇尚吃素，穿白衣，裸葬，种种习俗与中原传统儒家文化有很大不同。波斯明教总教更是以圣处女作为一教之主，圣女如果失贞则会被残忍地烧死，这一点连张无忌都接受不了。
由于明教是由波斯传来的，其武功也颇有怪异之处，不同于中原各大门派的招式。第一代教主霍山擅长的武功有这样一招：坐地捶胸大哭，之后双脚蹬地扬起尘土迷敌人之眼，乘机杀敌。据说这招的由来是在沙漠中，诱惑过往商旅，抢劫。从这就可以看出霍山此人的心狠手辣，那么，他开创的明教是否正义就很值得商榷了。
明教中有些人行事诡异，出手狠辣。韦一笑因为修炼寒冰绵掌出了差错，每用内功必须吸食人血以免血液结冰。杨逍强抢武当弟子纪晓芙，导致死亡。试问这样的门人怎么样不让人觉得是魔教呢？
明教法王金毛狮王谢逊更是由于成昆的陷害而狂性大发，造就了许多杀孽。灭绝师太的大哥，玉真观门人等等许多人丧命于他手中。江湖上有一半是他的仇家。
朱元璋更是心狠手辣之辈，他和兄弟们遭遇蒙古追兵，就把七个无辜的骡马贩杀掉，把面部砍得血肉模糊，用以帮自己逃生。所以张无忌自己也承认：明教众人良莠不齐。
其次，蒙古朝廷的禁止与暗地推波助澜。
明教的教义是惩恶扬善。他们把蒙古人称为“蒙古鞑子”，以推翻元朝为己任。蒙古入侵大宋时采取了血腥的手段，大肆屠杀汉人，中国北方90%的汉族平民几乎惨遭种族灭绝。韩林儿与张无忌在元大都酒楼遇到一个店小二，他推荐二人去看蒙古皇帝游街，言语之中激起了二人的愤怒，韩林儿说道：“认贼作父，无耻汉奸，鞑子害的咱们多惨。”
这样的明教自然会受到朝廷的严令禁止。元皇帝明确下文称明教为魔教，下令铲除。而明教更是与朝廷势不两立，以种种手段破坏元朝的统治，就起义军就有很多处，著名的将领有韩山童，彭莹玉等等。朱元璋是韩山童手下大将，他带领义军连败元兵，攻城略地，弄得蒙元束手无措，甚至有隐隐超过韩山童之势。
再次，其他武林门派的嫉妒。
明教组织严密，高手众多，它的发展在一定程度上影响了其他门派。他们害怕自己的地盘被明教一步步蚕食，因此暗地里用了许多手段来打击明教。
这其中有峨眉派的灭绝师太，有丐帮众人，以及其他一些门派。武当的宋青书爱慕周芷若，但周芷若喜欢张无忌，宋青书出于嫉妒肆意污蔑中伤张无忌，说他学习了魔教邪术，因此才诱惑了周芷若。此等采花大盗不杀掉，还会有更多的良家妇女受害。
丐帮想消灭明教，很大程度是成昆联合陈友谅的推动。他想借丐帮之手为自己报仇，他更想实现自己一统中原武林的野心，生怕明教赶走了蒙古人当了皇帝。他不仅联系各大门派开屠狮大会，围攻光明顶，还暗地里联系朝廷黄雀在后。
各门派围攻光明顶，除了表面上的借口消灭魔教，暗地里的私心也相当不少。毕竟明教多年集聚的财富在被打败之后，会被这些人瓜分。
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