从海洋登上陆地的鱼再也不是鱼了。
千百次的轮回，千百次的重生。把文明的种子带离这混乱无序的星系，命运的单摆指引着他们的目标——生存。
这是人类的落日，这也是三体的曙光。
暗无天日的黑暗森林中，靠最原始的电磁波，两个婴儿进行了第一次交流。让他们看到了希望，生存的希望。三体第一舰队，开启了他们寻找新家园的路程，前路一片黑暗，而他们将在黑暗中摸索光明。
能否抵达太阳系？不知道。抵达太阳系后人类舰队会不会击败我们？不知道。我们之间会不会爆发黑暗战役？不知道。前路充满未知，但依然要前进，不择手段的前进。
三体第一舰队有什么？理论十分之一光速、实际百分之一光速的大型宇宙飞船，随时可能进入智子盲区的智子，水滴。对于宇宙中的神级文明来说，这些装备就如同原始人的石头与木棍。为了生存，他们拿起石头木棍，杀向另一群原始人的部落，开始了为期四百年的侵略之行。
为了了解人类，他们找到了伊文斯和叶文洁，一个是对人类彻底失去希望的环境保护主义者，一个是因受到迫害而主动与三体交流的物理学家。地球三体组织ETO，诞生了。在ETO的帮助下，三体掌握了人类与三体的不同，并且慢慢学会了简单的战略欺骗。
穷兵黩武的人类，为了生存选出了面壁者，而三体也找到了破壁者，击破面壁者的计划。可是，因为三体对ETO的不信任，罗辑建立了黑暗森林威慑，三体第一舰队以及派出的强相互作用力宇宙探测器必须转向，驶向未知的深渊，进入荒凉太空。
在威慑纪元开始前，人类观测到三体第一舰队已经面目全非，不知是因为宇宙的艰难而使舰队残破不堪，还是因为舰队之间爆发了黑暗战役。而且根据尘埃云尾迹显示，有一艘三体飞船出现加速航行的迹象，以这种速度航行必然会造出在到达太阳系前无法减速的后果，当时人们推测这艘飞船加速是为了派代表与人类谈判，但末日战役人类惨败的结局已经否定了这种可能，通过之后的故事，我们知道这艘飞船的作用其实是拦截云天明的大脑。
因为威慑纪元的到来，三体母星出现了技术爆炸，三体人在技术爆炸中掌握了曲率引擎，于是组建装备了曲率引擎的三体第二舰队。
三体第二舰队共计四百一十五艘战舰，均配备光速曲率引擎，代表了三体文明最伟大的力量。当罗辑与程心交接权力之时，威慑纪元结束。三体第二舰队进入光速，重新开启了他们伟大的征服之路。
万有引力号广播了三体星的坐标，地球和三体都将变成黑暗可怖的地狱。这一支满载了希望的生存之舰又一次重蹈覆辙，转向茫茫的宇宙。
从之后关一帆的话中我们可以知道，三体第一舰队在云天明送给程心的星星DX3906附近建立了殖民地，成功将文明的种子播撒了出去。而三体第二舰队转向之后，在金牛座被不明敌人消灭，而第二舰队面对的对手是谁书中并未明确指出，但留下了诸多的伏笔把消灭第二舰队的敌人都指向了——三体第一舰队。
三体第一舰队在流亡宇宙时与第二舰队见爆发了黑暗战役。
原因如下：
一、数百年的宇宙流亡让三体第一舰队的资源严重匮乏，迫于生存，必须向三体第二舰队发动进攻，尤其是第二舰队的曲率引擎对于第一舰队非常宝贵。
二、因为相对论效应，对于三体第二舰队来说，从三体星系到地球的航行时间会非常短暂，且第二舰队拥有足够的资源，所以第二舰队能够代表三体母星文明。但第一舰队转向后已被母星放弃，就如同人类视星舰地球为异类一般，第一舰队的队员也被母星视作异类。第一舰队不会把第二舰队当作自己人。登上陆地的鱼再也不是鱼了。
三、对云天明大脑的截获可能让三体第一舰队出现变化。文中可知，云天明在三体第一舰队中已经获得很高的社会地位，且已经对三体的本土文化形成巨大冲击。从威慑纪元三体人对人类文化的了解程度来看，云天明必然已经对三体文化产生巨大影响。攻击第二舰队有可能就是在云天明的影响下进行的。
四、智子的控制者到底是谁？母星，第一舰队还是第二舰队？智子以日本女性形象第一次出现是在威慑纪元结束后，之后智子组织了澳大利亚大移民，因为要准备即将到来的第二舰队降临。这时的智子必然是由第二舰队或母星控制。广播纪元后，智子便掉线了一段时间。三体母星被光粒攻击，随后智子便进行了茶道谈话，并告诉程心云天明要见她，这时的智子由第一舰队控制。为什么智子的控制权会易主？可以猜测在三体星坐标被广播到遭受黑暗森林打击之间，第二舰队遭到第一舰队的伏击。
五、第二舰队比第一舰队技术要先进，为什么第二舰队会被消灭。
三体第一舰队在与人类的互动中学会了简单的战略欺骗，并且有云天明的帮助。而第二舰队是在母星长大的三体人，思想依然是透明的，有极大的战略缺陷。况且第二舰队并不清楚第一舰队的具体位置。
六、以三体第一舰队本身的技术水平，根本不可能在几百年之内在DX3906附近找到适宜生存的殖民地，如果获得第二舰队的曲率引擎，则会让这种事变成可能。
所以，三体第一舰队与第二舰队之间必然爆发了黑暗战役。获得了第二舰队资源的第一舰队找到了适宜居住的星球，把文明的种子洒向了宇宙。
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