“御三家”又被称之为初选宝可梦，是指各地区的博士给予新人训练家的宝可梦，这只宝可梦会参与第一次与野生宝可梦或者和劲敌的对战。
各个地区的“御三家”宝可梦都是不相同的，但是基本上都是三种属性的，分别是草系，火系和水系。
关东地区御三家：
初代“御三家”宝可梦分别是小火龙，杰尼龟以及妙蛙种子。
这三只宝可梦是观众最熟悉的，其中小火龙的人气最高，因为之后进化成为喷火龙的它非常霸气，并且还拥有Mega进化，而后这三只宝可梦也是小智最初所收集的宝可梦，由于杰尼龟和妙蛙种子进化之后的样子实在是太丑了，所以它俩的人气远远不如小火龙。
城都地区御三家：
城都地区的“御三家”宝可梦分别是菊草叶、火球鼠、小锯鳄。
其中菊草叶算是三只宝可梦中颜值最高的了，不过其他两只也似乎挺好看的，小智所收服的是小锯鳄，不过他的小锯鳄也是没有进化，而后火球鼠的人气似乎并不是很高，这也是因为小火龙的原因，毕竟关东地区的剧情和城都地区的剧情算是第一部的剧情，火球鼠的光芒被小火龙给掩盖了。
丰缘地区御三家：
丰缘地区的“御三家”宝可梦分别是木守宫、火稚鸡、水跃鱼。
这三只宝可梦的造型都非常可爱，小智所收服的是木守宫，而后水跃鱼则被小刚所收服，另外一只火雏鸡则被第二部的女主角小瑶所收服，三只宝可梦当中木守宫和火雏鸡的人气基本上不相上下，但是从外表上来看，还是水系的水跃鱼比较好看一些。
神奥地区御三家：
神奥地区的“御三家”宝可梦分别是草苗龟、小火焰猴、波加曼。
这三只宝可梦当中人气最高的就是小火焰猴，在剧情中小智就得到一只，他的小火焰猴实力非常强大，而且胜率也是非常高，而后小智还收服了一只草苗龟，但是这只草苗龟在进化之后速度却变慢了，本来颜值不高的它也因输掉一次次比赛逐渐被观众所嫌弃，另外一直水系的宝可梦波加曼的设定依旧和上面一样，属于可爱搞笑类型的，非常讨人喜欢。
合众地区御三家：
合众地区的“御三家”宝可梦分别是藤藤蛇、暖暖猪、水水獭。
这三只御三家当中，藤藤蛇和水水獭的形象非常好看，由于暖暖猪的原型是按照猪所设定的，所以这只宝可梦的颜值肯定是不太高，但是身为火系宝可梦的它实力却很强大，藤藤蛇给人的感觉非常的傲娇，而后水水獭则像是一个非常淘气活泼的小孩子一样，总体来说是三只非常容易让人记住的“御三家”宝可梦。
卡洛斯地区御三家：
卡洛斯地区的“御三家”宝可梦分别是哈力栗、火狐狸、呱呱泡蛙。
这三只宝可梦的外形基本上都中规中矩，人气最高的莫过于呱呱泡蛙，至于原因呢？想必大家基本上都非常清楚，这只宝可梦小智也有收服过，并且还和小智发生了羁绊进化，成功的进化成为了甲贺忍蛙，并且差一点就得到了冠军的位置，也正是因为这只宝可梦太过于亮眼了，所以导致其他两只“御三家”宝可梦黯然失色。
阿罗拉地区御三家：
阿罗拉地区的“御三家”宝可梦分别是木木枭、火斑喵、球球海狮。
从这一部的神奇宝贝剧情开始，宝可梦发生了改变，设定上劲敌使用玩家会使用与主角属性克制的宝可梦，并且这一部的神奇宝贝画风也改变了不少，导致观众流失了很大一部分，三只御三家当中火系的火斑喵依旧是非常强势，不过草系的木木枭似乎人气更加高一些，而后水系的球球海狮外形依旧是非常可爱，延续了历代水系宝可梦最鲜明的特点。
伽勒尔地区御三家：
伽勒尔地区的“御三家”宝可梦分别是敲音猴、炎兔儿、泪眼蜥。
这三只宝可梦的外形基本上都可以用可爱来形容，随着神奇宝贝作品的持续播出，动画制作组似乎明白了老一辈的观众逐渐已经流失了很多，所以想吸引一批新的观众，所以在设计宝可梦的时候把外表设计得越来越可爱了，小智等人不仅越长越年轻，连宝可梦也逐渐看起来像是一个小孩子一样了，这也是为了能够迎合一下低龄观众，不过这种宝可梦的画风让人看着感觉不怎么热血了。
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