大概在1495年，米兰公爵斯福尔扎请达·芬奇到圣玛利亚修道院绘制这幅壁画。一个与达芬·奇同时代的人班代洛写道：“我多次看见他大清早爬上架子，绘《最后的晚餐》。他从早到晚总不停手，也不吃不喝。然后三四天不动手绘画，只是对着画稿仔细端详，喃喃自语批评画中人物。”
有一个也许是杜撰的故事说，画中犹大的面貌是根据那修道院院长的相貌绘成的，因为院长抱怨达·芬奇画得太慢，使达·芬奇非常生气。
奇怪的是犹大的面貌也有点像耶稣，达·芬奇似乎要把这叛徒画得貌似救世主但猥琐得可怜。动手绘画前的难题是怎样避免壁画受潮剥落。达·芬奇的创造力不同凡响，他特别调制一种由石膏粉、硬沥青和乳香树脂混合而成的封塞料，抹在那石质松软的墙上作底子，然后在上面绘壁画。
可惜他始创的混合物并无预期的效用，后来画面的油质颜料开始剥落。早在1517年，画上颜料脱落的情况已经看得出来，当时是达·芬奇逝世前两年。1566年，有一个参观过壁画的人说什么都看不见，只是“一片污痕”。又过了一个世纪，《最后的晚餐》看来简直是无可救药了，有一个修士就索性在壁画下方的墙上把门扩大，因而耶稣基督的脚也削去了。不过壁画无论如何不是“一片污痕”，虽则暗淡些，仍然是旷世的杰作。几百年来，它经历多场劫难而留存至今。
比方说在拿破仑时代，军队把这饭厅当做堆放马料的地方。第二次世界大战时，房顶和壁画右面的墙都炸坏了。可更糟的是有人进行过几次胡乱的修复工作，十八世纪初至今一共修了6次，大多数是在原画上补绘。
到了20世纪中叶，这幅《最后的晚餐》已成为褪色、剥落而满布污痕的残品了。不过1980年以来，这幅壁画的剥落现象已经停止了，继而转入一个缓慢而近乎奇迹的新生过程。
运用科学方法恢复壁画本来面目的工作已经开始，整件工作由隆巴第地区美术品总监领导。先极仔细地查看壁画，然后开始逐次修复非常细小的一块。现在专家正在剔除以前“修复”造成的破坏，尽最大努力恢复壁画原来的面貌。
运用解剖刀和溶剂在这逐块剥落的彩绘壁画上做修复工作，其细致与复杂足以使人头昏眼花。不久之前，负责修复工作的领导人布兰比拉对一个参观者说，“看见这小片蓝色吗?”她指着壁画的白桌布上一小点颜色，解释说：“这是从别处掉下来的，达·芬奇绘画时，这片油彩是一个门徒袍子上的颜色。”当然，她的工作是把那片油彩放回原处。
壁画在这次修复前，是许多不成形状的碎片拼凑起来的残缺物，在一些连底层也脱落了的地方，原画根本无迹可寻。即使如此，这次修复工作也取得极好的成果。
到1982年，靠右边的四分之一幅壁画画面已大致修复完成。西门、达太和马太众门徒已经冼脱了几百年来积聚的尘垢，重现本来面目。
在这过程中，布兰比拉和她的同事发现了原画上一些出人意料的地方。比方说达·芬奇绘西门的脸时本来只绘上短短的胡子，可是几百年来，修复时在原画上多次补画，胡子加长了很多。
桌上的食品本来是吃了一半的，有一个切开的橘子和掰开的面包，但是不知道是谁竟不问情由“改正”了这些富于趣味的细节，把面包绘成完完整整的，橘子也变回完整的一个。画面别的地方经过这次修复，生命的活力逐步显现，玻璃杯上又显出了闪耀的金边，桌上的银餐具又反映出圣徒袍子的颜色。
到现在为止，修复工作都是在揭开原画的真貌。世界上的艺术爱好者都热切期待这幅杰作重新显现真面目。到那时，这幅壁画会再度显示一位旷世奇才的超凡创造力。
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