孙志祖 字诒穀，或作颐谷，号约斋，仁和人。他“幼熟精文选，后乃仿韩文考异之例，参稽众说，正俗本之误，为文选考异四卷。”
在做生员时期，以解经见知于督学。后来在乡试中因通晓 《周易集解》而受知庄方耕。其后，参加各种考试，皆稽古之力。 考中进士后，任刑部主事。在判狱时，多精研案情，与其治经史同。升郎中，擢江南道监察御史。后辞职回乡，闭门著述。晚年掌教紫阳书院。
孙志祖这个人，性格上“清修自好”，读经史必释其疑而后已，所著《读书脞录》七卷，考论经、子、杂家，折中精详，不为武断之论。他生平与汪中友好，汪中去世后，曾与张燕昌、梁玉绳等公祭汪中。大学者孙星衍记其“杜门著述，博物识古，书无不览，所藏卷帙皆校勘谬误，丹黄贻遍”。其藏书楼名叫“寿松堂”，藏书家丁丙亦称“所藏宋乾道、淳熙间刊本《周易》十卷，为其家五世藏本”。晚年，其藏书被丁丙收去。
孙志祖在学术上最大的贡献是写了《家语疏证》六卷，认为《孔子家语》是王肃反对郑玄而作，是一本伪书。他博集群书，凡王肃所剿窃者，皆“疏通证明之”。他还考证出《孔丛子》和《小尔雅》也是王肃伪作。他说：“王肃作伪难郑，诬圣背经，既作《圣证论》以攻康成，又伪撰《家语》，饰其说以欺世。”
孙氏还著有《读书脞录》七卷，“考论经子杂家，折中精详，实事求是，不为凿空武断之论，悫然如其为人。”孙志祖的《诗经》研究主要集中在《读书脞录》的正、续编中，共十九条。这些观点尽管数量不多，但每条都非常精审，有很高的学术价值。
孙志祖的诗作收在《颐谷吟稿》里，有不少写的清雅动人。比如有首《落叶》：“秋霜一下众林萎，叶落成堆未扫时。流水年华人易感，辞柯消息鸟先知。小园竹径风声寂，远树柴门日影移。莫道婆娑生意尽，凭阑点笔好题诗。” 还有一首《过南阳》：“天低湖水阔，浩淼入空冥。帆影有时侧，风声不可听。人家依浅岸，野艇狎浮萍。此地经过数，今疑到洞庭。”
他有个儿子孙同元能继承他的家学。
孙志祖于六十四岁时去世。
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