科学界在研究遗传和进化的过程中出现过不少争议，其中最典型的应该是拉马克的“用进废退”学说和达尔文的“进化论”。按照拉马克的说法，如果生物身上有哪个部位长期得不到应用或者缺失，那么这个种群的后代也会逐渐丢失这个部位。该说法听起来似乎还挺有道理的，但它却不符合事实。在拉马克之后，一位德国生物学家做了一项长期实验，最后得到了与“用进废退”学说相悖的结果。
这位生物学家就是生活在十九世纪末、二十世纪初的威斯曼，他在研究拉马克学说的时候就产生了怀疑，于是开始动手做实验来检验“用进废退”学说。据说他当时以小鼠为目标展开了一系列现在看来十分残酷的实验，他和实验团队先是把第一代老鼠的尾巴都切除，然后让它们进行交配繁殖，产出的第二代仍然能长出尾巴，于是又将它们的尾巴切除进行交配繁殖。
这样的过程反复进行了十几次之后，也就是说这群小鼠的繁衍已经经过了十几代，但它们的后代还是会长出尾巴来。于是威丝曼得到实验的初步结论，用进废退学说与事实相违背。再加上当时达尔文已经提出了进化论，因此人们对用进废退的信任程度开始下降。直到如今，科学家还是认为达尔文的进化论要比拉马克的用进废退学说严谨一些，这还可以体现在这两种理论是如何解释长颈鹿的长脖子问题。
赞同用进废退学说的科学家认为，最初一批长颈鹿的脖子并没有那么长，后来它们为了能够吃到高处的树叶，不断地伸长脖子。亲代将这样的生存技能通过遗传信息传递给了子代，随着时间的积累整个长颈鹿种群的脖子长度逐渐增加。而支持进化论的科学家同样认为最初一批长颈鹿的脖子没那么长，但是种群中存在通过基因变异而长出长脖子的个体。这些特殊个体在长期的生存演化中比短脖子个体更具优势，因为它们获得了更多的食物和空间。
最后在自然选择的作用下，短脖子的个体逐渐被淘汰，长脖子个体存活了下来，长颈鹿种群的繁衍任务就落在了长脖子群体上，如今的长颈鹿就是这样演化而来的。总而言之，用进废退学说的核心思想就是动物通过后天行为来获得某些性状，而进化论的核心思想是动物通过先天的基因变异就可获得有利于生存的性状。
起初两种学说僵持不下，但在越来越多奇特物种出现之后，不少科学家发现用进废退学说无法解释这些奇特动物的存在，因为并未在其他大陆上找到与它们相似的物种，例如澳洲大陆上的有袋类动物。当然，达尔文的进化论也并非完全合理，随着生物学的不断发展，后世的生物学家也在不断完善进化论，使之成为人类揭秘地球生命演化的重要理论。
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