成化二年(公元1466),御史魏瀚的一封上书引起了宪宗的注意，魏瀚在奏章中说：“备边之策，莫要于训练营兵以为缓急之用。”魏瀚说，现在京营军士不下30万，但是其中有的被权贵之家占用役使，有的为公府做工，有的上缴一点钱买一份清闲，有的成为长官的随从，而实际参加操练的士兵只是些老弱，军马也都病弱消瘦，兵器又旧又钝。魏瀚叹道：“用这些兵去抗御敌人侵略，怎能指望他们挫败敌人强劲的兵锋？”
新建的十二团营的名目是：奋武营、耀武营、练武营、显武营、敢勇营、果勇营、效勇营、鼓勇营、立威营、伸威营、扬威营、振威营。十团营的军士选拔自七十余个在京卫所，包括二十二个亲军卫(在原来的三大营制下，这些在京卫所的军士都选编入三大营):
奋武营——军士选自锦衣卫、燕山右卫、府军右卫、虎责右卫、和阳卫、大宁前卫、蔚州左卫。
耀武营——军士选自燕山左卫、前卫、武德卫、义勇右卫、忠义后卫。
练武营——军士选自金吾右卫、留守右卫、应天卫。
显武营——军土选自府军左卫、羽林左卫、右卫、武功左卫、虎贲左卫、沈阳左卫、右卫、骁骑右卫、神策卫、兴武卫、龙骧卫。
敢勇营——军士选自羽林前卫、留守中卫、忠义右卫、神武中卫。
果勇营——军士选自旗手卫、济阳卫、武功中卫、留守后卫、忠义前卫。
效勇营——军士选自永清右卫、义勇前卫、神武左卫。
鼓勇营——军士选自彭城卫、金吾前卫、后卫、府军卫、豹韬卫、神武后卫。
立威营——军士选自永清左卫、府军后卫、龙虎卫、大宁中卫、义勇后卫。
伸威营——军士选自金吾左卫、济州卫、留守前卫、镇南卫、宽河卫。
扬威营——军士选自武功右卫、府军前卫。
十二营军士并不是直接选自上述各卫，其实他们早就脱离原来的卫所进入三大营了，只是为了使制度显得规整，才列出十二团营与在京各卫的关系。十二营的管理体制纷繁，虽然各营设有都指挥，但在其上有侯级爵位的官僚贵族充任掌领，又有坐营内臣，又有勋臣担任提督。这是明朝的一贯做法，目的就是为了分解权力，这也无疑压抑了军事人才的培养，致使明代军事人才少得可怜。宪宗重用宦官汪直，任命汪直总督团营。
被选入十二团营的士卒称为“选锋”,没能入选的次等兵仍然留在老营里—老营并不拆除。这种做法承袭的就是于谦当年的做法，旧的三大营作为老营收留那些选剩的老弱兵。老弱兵用于为兵营或官府做工。
但是事实上，团营禁旅严格按照皇帝的诏令操练的时间并不长日久生疲，加上政治腐败、管理松懈，十二营选锋军没能够专门从事训练，这些上等兵们也常常被权贵所役使，为他们做工。据统计有七万五千余人被权贵所隐占，处于私役状态，不能回营训练。派去巡察操练的官员，也常应付了事，并不认真监督。
京师团营的弊端在宪宗成化年间愈演愈烈，管理日益松懈。凡朝廷或京师官府筑桥堤、仓库、寺庙，都由团营禁卫军完成。成化十九年，即十二团营建立16年后，团营中的健在军士只有93400余名，更番赴工者多至52000人。营帅役使军士为其私家服务也成为习常之事，称之为“应役”。市井游贩之徒，也贿赂军官，隶名军籍，人伍后为躲避军训，又花钱买闲；而提督团营的军官，也乐意支取空名粮饷。如此一来，京师团营就常有万余名的缺伍，而在营的士卒中却难以选出一二万精兵。
明孝宗又在十二团营外，恢复以往“班军”进京的做法，调京畿、山东、河南和江北兵，轮流进京参与操练，以补充禁旅的实力。蒙古部落侵扰大同的事件频频发生。弘治十七年，明孝宗决定在京师近地屯驻禁卫军，作为京师的左右辅。当时担任兵部尚书的是刘大夏，也是一位能吏，他赞同这一设想，建议在保定设都指挥使司统领五卫，再从入京参与操练的各地军队中调出一万人，作为西卫；用京东密云、蓟州卫所兵作为东卫。孝宗采纳。
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