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NVIDIA和哈佛研究人员使用AI使基因组分析更快,更便宜

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NVIDIA和哈佛大学的科学家在基因研究方面取得了巨大突破。他们开发了一种深度学习工具包,可以大大减少运行稀有单细胞实验所需的时间和成本。根据《自然通讯》上发表的一项研究,AtacWorks工具包可以对整个基因组进行推断,该过程通常需要两天多一点的时间,而在半个小时内。多亏了NVIDIA的Tensor Core GPU,它才能够做到这一点。

AtacWorks与ATAC-seq一起使用,ATAC-seq是一种公认
的方法,旨在在健康和患病细胞的基因组中查找开放区域。这些“开放区域”是人的DNA的小部分,用于确定和激活特定功能(例如肝脏,血液或皮肤细胞)。这是一个人基因组的一部分,可以为科学家提供一个人可能患有阿尔茨海默氏病,心脏病或癌症的迹象。

ATAC-sec通常需要分析成千上万个单元格,但是AtacWorks仅使用数以万计的单元格就能获得相同的结果。研究人员还将AtacWorks应用于产生红细胞和白细胞的干细胞数据集,这些通常无法使用传统方法进行研究。但是利用AtacWorks,他们能够分别识别与白细胞和红细胞相关的DNA的不同部分。

更快,更便宜地分析基因组的能力将对鉴定可能导致某些疾病的特定突变或生物标记大有帮助。它甚至可以通过帮助研究人员弄清楚该疾病的工作原理来帮助发现药物。

NVIDIA研究人员和论文的主要作者Avantika Lal说:“对于非常罕见的细胞类型,不可能使用现有方法研究其DNA的差异。” “ AtacWorks不仅可以帮助降低收集染色质可访问性数据的成本,而且还为药物发现和诊断开辟了新的可能性。”

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