1、PCR实验灵敏度
PCR实验灵敏度：是指PCR扩增反应能够检测到目的基因的最小值。
研究结果表明，影响PCR扩增效率的因素，有模板的完整性、反应温度、复杂程度、引物纯度及其与模板结合效率、DNA聚合酶的热稳定性与扩增性能、反应缓冲液的离子组成(主要指：阳离子)、反应优化剂等，这些因素都显著影响PCR实验检测灵敏度。在最佳扩增条件下，常规PCR反应能够检测到pg(10～12g)数量级目的基因。对于一个特定的目的基因，模板与引物通常都是已经限定好的因素。因此，选择什么样的PCR反应体系(包括DNA聚合酶与反应缓冲液等)就是研究者提高PCR实验灵敏度的关键因素了。
2、PCR实验特异性
PCR实验特异性：是指在PCR扩增过程中，专一性扩增目的片段而非其他片段的性能。
在PCR实验本身的灵敏度很高，且实验条件未充分优化的情况下，通常会在目的片段出现同时伴随有其它杂带，即发生非特异性扩增现象。模板、引物性质及质量、反应条件控制等均会影响PCR扩增特异性。近年来的研究结果表明，缓冲液品质(如反应优化剂、离子种类与组成等)对保证PCR特异性扩增起着重要作用。
3、PCR灵敏性和特异性关联
PCR实验灵敏度与特异性是一对此长彼消特性，这也决定我们实验体系调节实际上就是需要找到适合实验灵敏度与特异性的平衡点。由于PCR体系中的成分众多，使得组合较多，筛选工作也就相对繁杂。
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