提单是现代国际贸易中不可或缺的单据。为了配合贸易的需要，航次租船合同中一般也都规定船东或船长有签发提单的义务。
例如，GENCON76本条中就有如下的规定：船长应签发租船人所提供的无碍于本合同的提单。（The Captain to sign Bills of Lading …as presented without prejudice to this Charterparty）。
在这段规定中需要注意两处文字，即“租船人所提供的”（as presented）和“无碍于”（without prejudice）。前者意味着只要是租船人提供的提单，无论其格式如何，提单条款下船东的责任是否比租船合同中规定的更重，船长都无权拒绝签发，否则以违约论。而对后者的解释通常都是限制性的，只有在提单内容属于欺诈性的或与租船合同有根本性的冲突的情况下才会被认为是“有碍于”本合同。例如，提单记载内容与事实不符，如倒签提单、数量不符、外观有缺陷的货物要求签发清洁提单等，船长可以拒签。或者提单上所载明的卸货港口与租船合同不符，船长亦可拒签。
总而言之，如果租船合同内写明须签发租船人所提供的提单的话，船东或船长可选择的余地就很小了。如果租船合同内附有预定格式的提单的话，则租船人就不能任意令船长签发提单了。另外，如果船长错签了提单，或船长授权租船人签发提单，而提单内容有误，如货物是甲板货而提单内设有加注，那么船东对收货人也必须承担第一责任的。
航次租船合同项下的提单的持有人是谁，是影响该提单法律作用的重要因素。如果提单的持有人是租船人，那么提单在租船人与船东之间的作用仅相当于承运货物的收据，无论提单有无背面条款以及背面条款如何规定，租船人与船东之间的权利义务关系一切以租船合同为准。如果提单持有人是其他任何第三方善意取得者，那么船东与提单持有人之间的权利义务关系就以提单的规定为准。之所以有这样的法律规定，主要是为了维护提单在国际贸易中的地位。当然即便在这种情况下，船东与租船人之间的权责关系划分仍应依据租船合同。
在上述第二种情况下，提单的背面条款如何规定就显得尤为重要，它可能牵涉到船东、租船人以及提单持有人三方的经济利益。
例如，提单的格式是班轮提单的格式，背面有详细的条款，那么提单背面条款有关责任、费用的规定就有可能与租船合同的规定很不一致，这样，船东和租船人都面临着被“夹在当中”的风险。
案例一
某进口商进口一批纸浆，由一租船人与船东签订航次租船合同承运，并由租船人作为承运人签发了以进口商为收货人的提单。租船合同与所签发的提单在滞期费方面的规定不同，前者规定候泊时间作为装卸时间，后者则无此规定。船舶到卸港后，候泊近月，靠泊卸货后又因接收货物的设备不足将船舶移泊锚地候卸近月。船东依租船合同向租船人收取了全部滞期费，而租船人只能按提单规定向收货人索取第二次候卸期间的滞期费，这样租船人就白白地损失了一大笔钱。
案例二
某进口商向一租船人托运一批货物，该租船人指示船东签发了以进口商为收货人的提单。船东与租船人订立的租船合同中无滞期费条款，即租船人不负担滞期费，而所签提单上有CQD条款和滞期费的规定。船舶到达卸港后因无泊位等候两月，船东无法依租船合同请求滞期费，就转而依据提单向收货人请求滞期费，但提单规定候泊时间不算滞期时间，但候泊锚地可卸货者除外。本案中候泊锚地无卸载条件，船东最终未能获得滞期费，就只好哑巴吃黄莲了。
在航次租船合同下，还有一类提单也被大量采用，即简式提单（Shorf Form B/L），这种提单无背面条款。在签发这种提单时，一般在提单背面加注一条“并入条款”（Incorporation Clause），注明将租船合同内容并入提单。并入条款的用字应该清晰、明确、完整地将租船合同并入提单，否则，就可能会引致许多不必要的争议。
如果并入提单的租船合同条款违背约束提单的国内法律或国际公约（例如《海牙规则》）的规定，那么对善意的第三方提单持有人而言，这些条款失效，船东对提单持有人的最低责任仍以《海牙规则》为准。倘船东因此受到损失，可依据租船合同向租船人索赔。
另外，即便提单中有一条清晰明确的并入条款，甚至写明法律适用条款、管辖权条款、仲裁条款并入提单，这类条款能否有效并入提单，仍是有疑问的，实践中案例的判法也不稳定。
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