现在的中国历史对蒙古元朝历史研究最少，误解最多。众所周知，元朝被朱元璋赶到漠北就结束了，但实际上蒙古政权继续存在了相当长时间，和明朝并存于世，直到明末才寿终正寝。
通行史书一般都认为蒙元时期亦即忽必烈建立的元朝，“从至元八年（1271年）蒙古族元世祖忽必烈建立元朝开始，到洪武元年（1368年）明太祖朱元璋北伐攻陷大都为止，元朝的统治结束，前后共计98年。”
实际上，完整的蒙元帝国历史应当包括三个阶段：
一、成吉思汗的蒙古帝国时期，
二、忽必烈建立的元朝帝国时期，
三、退出中原后的北元蒙古国时期。
值得注意的是，在退出中原后，北元蒙古仍然控制着今日蒙古、新疆、云贵以及俄罗斯及中亚地区的广大土地，幅员远超明朝(对西藏只是名义上统治)。
三个阶段的蒙古帝国，总历年超过400年。
1.开国皇帝成吉思汗
蒙元开国皇帝成吉思汗铁木真
根据《新元史》记载，蒙古的起源于突厥余部。在成吉思汗以前，蒙古民族并没有真正形成，部落间政治分裂，部族间缺乏认同感。
成吉思汗整合统一了北方草原的多种游牧部落，这些部落未必属于同一血族。但是，成吉思汗使这些部族在他的帝国中得到大融合，使得蒙古民族得以形成。
不仅如此，成吉思汗于1206年后建立了以蒙古民族为主体的一个容纳了众多民族的世界性帝国——蒙古帝国。
1206年是成吉思汗的蒙古帝国立国之始，也是成吉思汗纪元之元年。
2.忽必烈的世界帝国
成吉思汗的孙子忽必烈于1260年在蒙古的开平城即蒙古大汗位。
忽必烈时代的蒙古统治集团系统接受了华夏文化。其标志就是元至元八年（1271年），忽必烈以《易经》系词的“大哉乾元”之意，将蒙古国号改为汉语之“大元”，并将帝都由内蒙古的中都开平迁到北京，确立北京为元大都。
但是，忽必烈的元帝国与成吉思汗的蒙古帝国一脉相承。忽必烈帝国尊祖父成吉思汗为蒙元帝国的开国之始皇帝。
元至元十六年（1279年），元朝彻底灭亡南宋流亡政权，统一了中国本土的全部疆域，从而结束了自唐末长期以来中国土地上多政权并立的分裂割据局面。
元帝国和四大汗国示意图
3.蒙元帝国是一个世界帝国
忽必烈的蒙古帝国继承了成吉思汗蒙古帝国的世界性遗产。
蒙元帝国疆域包括五大部。除了位于中国本土作为帝国中心的元朝外，还包括成吉思汗黄金家族统治的四个国际化汗国，即：位于俄罗斯地区的钦察汗国、位于中亚西亚及伊朗地区的伊尔汗国、位于蒙古高原西部的窝阔台汗国、位于今日新疆及西域地区的察合台汗国。
自元世祖忽必烈到元武宗海山时期，元朝达到鼎盛时代。这个时代的蒙元帝国的幅员之大，在人类历史上是前所未有的，乃是一个几乎统合大部分欧亚大陆的世界帝国。
这个时代的元帝国疆域，东起日本海、南抵南海、西至天山、北越贝加尔湖，达到伏尔加河流域，“东尽辽左西极流沙，北逾阴山南越海表，汉唐极盛之时不及也”（《元史》）。
隶属元帝国的直接藩属国除了蒙古人直接统治下的四大汗国外，还有称臣为藩属的高丽、缅甸、安南、占城诸国。
其中高丽王朝与缅甸的蒲甘王朝，是元帝国的两个直属藩属国和特别行政区，由元朝廷分置为征东行省（高丽）与缅中行省（缅甸），直接控制。
4.中国全部本土为元帝国的中心统治区域
1279年，元世祖攻灭南宋统一中国。中原及江南汉地、漠南、漠北、东北（包括外东北和库页岛）、新疆东部（元初据有塔里木盆地西抵葱岭）、青藏高原、澎湖群岛、济州岛及南海诸岛，皆在元朝的直接统治范围内。
元武宗时期，元朝中央政府直接管辖下的国土面积是现代中国的两倍以上，超过2200万平方公里。
元朝将中华全国划分为十二行省：
1、由中书省所直辖的京畿中枢地区（即北京、河北、山东、山西及漠南蒙古部分地区），
2、十个行中书省，分别为：岭北行省、辽阳行省、甘肃行省、陕西行省、河南及江北行省、湖广行省、四川行省、云南行省、江浙行省、江西行省，
3、由宣政院（初名总制院）所管辖的吐蕃（西藏）地区。
明清的中国，所继承的行政区制度既不是秦始皇的郡县制，也不是汉唐宋的州府制度，而是元朝建立的行省制度。
5.两宋都是偏安性的地方政权
由于传统皇汉民族主义的偏见，大多数史学家忽略或无视宋朝始终没有统一中国这一历史事实。
实际上，无论北宋南宋，都只是割据汉唐中国之部分领土的偏安性地方政权。
中国自公元900年前后的晚唐时代陷入国家大分裂，天下大乱。中间有一段短暂的、仅在一百多年间统一了中原和江南地区的北宋政权。但是，北宋未能收复北方长城以内的燕云十六州和西北甘肃宁夏陇右地区，始终没有恢复汉唐时期的中国本土。
整个两宋时代，直到忽必烈的元朝帝国出现的三百年间，中国一直处在多皇朝、多政权（宋、辽、西夏、金、元、大理、吐蕃等）并存的分裂割据状态。
中国的重新统一，是在忽必烈的元帝国时代实现的。
6.忽必烈元朝存在的时间
公元1260年（南宋景定元年）三月，忽必烈在蒙古开平（今内蒙古锡林郭勒盟多伦县西北闪电河畔）即汗位，五月建元立年号“中统”。1271年建国号“大元”，此年通常被看作元朝的开国年代。
及元朝至正二十八年（1368年，大明洪武元年）八月，朱元璋的明军北伐攻克元大都，元朝廷遁走漠北。忽必烈的中土元朝传五世十一帝，前后历时九十八年。
7.北元历史是元朝历史不可忽视的延续
此后元廷北遁蒙古高原，元惠宗迁元庭至上都开平，隔年又至应昌（今内蒙古赤峰境内）。
蒙古朝廷继续使用“大元”国号，史称北元时代。蒙古政权一直到明朝末年归顺建州女真才告终结。
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