在奥本星的垃圾回收站当奴役的人们在悲惨的捡拾垃圾，男孩德特（Det）和女孩马基（Makee）却躲在角落里聊着文学。
但是生命里美好的东西犹如昙花一现，两人很快就被发现，在逃跑的途中德特不幸被打死，只留给了马基一本书。
德特被打死马基也不好过，被抓到后也被残忍的处罚，幸亏两个星盟战士出现救了她，救她的原因很简单她可以激活圣物（Keystone），（上次有大佬说士官长拿着的发光的圣物叫索引器，剧中叫做keystone，字幕组翻译叫圣物，这集叫翻译叫钥石，感觉钥石更好一些）
德特死后马基一直把书留在身边，可见马基对童年依旧还有感情，或者说是对人类还有感情，虽然马基很小就被星盟收养，但是骨子里毕竟还是人类。而且老东西怜悯先知一直在试探或者暗示马基的身份，马基也告诉他自己会带回圣物，还有士官长的人头。
帕兰戈斯基用研究圣物（ketstone）为条件与米兰达·凯斯结成了秘密结盟。（这里M叔更正一下第一集的时候说圣物是星盟的，有大佬指出是先行者，后来查了资料确实是先行者）
科塔娜计划之所以犯法是因为需要活人的大脑，这也意味着凯瑟琳·哈尔西的克隆人要被活体取脑。（确实有些残忍）
有个小细节，凯瑟琳·哈尔西的助手差点就要吻了克隆人，这里有两种可能一种是助手本身对博士有暧昧之情，本人无法一亲芳泽就找替身。另一种就是克隆人项目毕竟由他参与可能拿克隆人当孩子来看，马上知道孩子要死可能比较伤心想要亲一下额头。（M叔想听听大家怎么看的）
最后由凯瑟琳·哈尔西亲自将科塔娜注入到士官长的大脑中，博士激活了科塔娜，并且告诉了接下来的重要任务就是获取牧歌星找到的钥石（keystone）的数据。
科塔娜有些疑问因为按照计划科塔娜是作为士官长的一种升级状态，换句话就是科塔娜可以提升士官长的各项能力水平但是为了达到这种程度就必须要完全控制士官长的身体，但是科塔娜此时没办法完全控制。凯瑟琳·哈尔西博士告诉科塔娜放心吧，而且士官长是解开谜题的重要条件万一给你弄坏了那？
关·哈一直缠着索伦要回去牧歌星反抗温舍尔，索伦不同意，关·哈言语有些顶撞搞得索伦有些不耐烦。
士官长醒来后哈尔西博士呼唤科塔娜出来与士官长见个面，从士官长不顾科塔娜说话可以看出来，他不是太喜欢这个系统。（讲真开始M叔以为跟博士一模一样，后来发现稍微比博士好看一些还是可以接受的，士官长应该是钢铁直男，M叔是一直渴望有一个人工智能在身边的）
一首星盟的巡游舰出现在罗马短剑号前面，舰长让大家做好开炮的准备，这时候一个女人用民用频道联系了舰长，女人自称是巡游舰突然失去动力，星盟的人都跑了只留下她自己。（舰长应该是没遇到过美女头像的诈骗，等待舰长的是一份大礼）
“升级”之后的士官长被安排继续协助研究钥石（keystone）的实验，科塔娜想要接管士官长的身体这样能够获取更多的数据，但是哈尔西博士没有同意。
罗马短剑号的舰长其实也非常警惕甚至还让人检测了马基身上有没有带武器，不过还是被突然出现的crabs（字幕组翻译成蟹肉，听着有点好吃）偷袭成功。
舰长眼看罗马短剑号已经被沦陷于是启动科尔协议。（关于科尔协议M叔百度到了资料放到了文章结尾）
归队之后的士官长找到战友们，士官长问大家对他带走关·哈那件事有什么疑问吗？大家都表示简报都看过了没啥好说，而且都是出生入死多年的兄弟，我们大家都相信你。
索伦的老婆给关·哈做思想工作，不过关·哈毕竟是反叛军头子的女儿，叛逆的精神很足。
士官长想要搜索记忆中有狗的那个地方，科塔娜表示自己可以帮助，于是士官长接受了科塔娜的帮助，在科塔娜的帮助下找到了103类似的地方，其中有叫马莫雷星的地方士官长想起来失去了以为占有诺拉098，这时候士官长发现自己没办法感受失去朋友的痛苦，科塔娜告诉他因为他的脊椎里有抑制荷尔蒙的颗粒。
士官长得到了科塔娜的启发于是决定自己摘除这个东西，科塔娜给哈尔西博士告信，博士问到为什么要这么做？科塔娜告诉博士可能与士官长见到的幻象有关。博士觉得这样更好，于是让科塔娜协助士官长甚至可以做他的共犯。
当然科塔娜也是这么干的，在她的帮助下士官长成功的取出了颗粒，士官长向科塔娜表示感谢，科塔娜告诉士官长我一直在你身边，这句话有些深情，不过真钢铁直男士官长哪里懂得女儿家的含情脉脉，直接走开。
获得情感的士官长跑去听人拉大提琴，这时候一个妹子带着白色狗狗（金毛？）出现，这下让士官长想起来什么。
士官长在科塔娜的帮助下打开了放着钥石（keystone）的房间，这次他的感情没有被压抑他看到了更多的东西，包括他的父母、他的狗、还有另外一个圣物。
根据科塔娜提供的数据，士官长确定了波江二就是他当年看到的地方，波江二很久以前居住着一群由植物学家物理学家等等组成的科学家团队，他们用自己的专业知识改造这个贫瘠的星球，不过后来发生了瘟疫包括士官长的父母在内大部分人都死了。
士官长找到哈尔西博士说服哈尔西让自己亲自去波江二查看，哈尔西博士表示自己也会跟着一起去，因为根据科塔娜提供的数据博士想要亲眼见到另外一个件圣物。
马基联系了星盟先知，告诉他们自己要去牧歌星寻找圣物，他们的对话被太空指挥部捕获。凯斯舰长叫来女儿帮忙破译，顺便将哈尔西博士即将出去做任务这件事告诉了她并且让女儿好好利用这段时间研究圣物。
索伦看到关·哈如此执著的想要回牧歌星，于是决定带着关·哈回去。
士官长和哈尔西博士在向往江波二号的路上，他们在江波二号会遇到什么？
剧情回顾
光环第1集，牧歌星叛军被星盟屠杀，士官长偶然获得圣物恢复记忆
光环第2集，关·哈被士官长留在瓦砾星，士官长自首回去找人帮忙
科尔协议
秉承保护地球及近地殖民地的目的，所有的UNSC舰只或者太空站所在被俘虏时不得保存有完整的导航图，以防星盟跟踪到人类居住地。一旦侦察到任何星盟舰只：
1.激活所有飞船和行星数据库的清除系统。
2.重启并检查系统三次，确认所有的数据均已湮灭。
3.执行病毒文件清除程序。
4.一旦成功逃离星盟的攻击，所有的飞船必须立刻采用随机航线进入断层跃迁空间，绝不要选择任何指向地球、近人类殖民地或者其他人类居住地的航线。
5.一旦发生被星盟俘虏的情况，所有UNSC舰必须立刻自毁。
6.禁止任何人工舰载智能被毁或是被俘。
7.在没有对可能引导敌军进入基地的跟踪系统进行彻底搜查之前，不得将星盟的飞船带入人类控制的太空。
任何违背此项指令的行为会被认为是叛变行为，将会受到UNSC军事法律JAG 845-P和JAG 7556-L的追查，并被处以终生监禁或者是极刑。
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