益生菌冻干包埋技术包含了冻干技术和包埋技术两种，先通过冻干技术将液态益生菌制成益生菌冻干粉，在通过包埋技术将益生菌冻干粉包裹在保护层内，使其在恶劣环境下存活。冻干技术能很好保留益生菌原有的活性和生物性状，能长时间保存，提高益生菌的稳定性。而包埋技术可以有效抵御胃酸，使其在恶劣环境下存活。
人体消化道的pH值一般在1~3左右(适宜益生菌生存的pH值在6~7左右），其酸性浓度较强，不利于益生菌存活。同时消化道当中存在的胆汁，也会破坏益生菌细胞膜和DNA的抗菌特性，尤其在小肠部位大量胆汁影响，会导致益生菌活性严重降低。
冻干机在制备益生菌冻干粉的整个生产过程中，是在一个较低温度和真空无菌的环境下，这是最常用的技术，如果存储得当，益生菌可以保存很长时间。冻干技术的操作条件温和，损伤程度小。
包埋技术是在冻干技术上，将冻干机制备的益生菌冻干粉在每一个很小的益生菌单位上包埋一层保护膜，使其更好的穿过胃肠道。益生菌的包埋是一种保持益生菌活性的可行方法，将细胞包埋到保护性的结构中,使它们在不利环境下的存活得到改善。与未被包埋的细胞相比，被包埋的细胞在体外胃肠环境下的存活有所改善，而且它们的保护性外壳能够使它们在食品体系中更好的存活。益生菌自身比较脆弱,容易受周围环境的影响而导致食品中益生菌菌数的快速下降，严重影响了益生菌的益生作用，因此，冻干和包埋技术是提高益生菌活性的一种有效的方法。
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