1965年，吴法宪从空军政委改任司令员，对于这一指示在当时显得“少见”。
战争年代，政工干部转为军事干部比比皆是，不足为奇。可新中国成立后，军队建设朝着专业化进展，军事指挥员就应该干军事指挥的工作，政工就应该干政工的职务。而且这样情况从新中国成立之后十几年，大军区级军政领导工作分明，没有出现这样的现象。
为何空军要打破常规呢？
从当时空军的条件来说，副司令员刘震接替最合适。他不仅仅是上将资历，还是中央候补委员。而且刘震当司令员与吴法宪合作也不是不可以，他俩在解放战争时搭档三、四年，彼此都非常了解。
让吴法宪当司令员是刘亚楼推举的，难道刘亚楼不清楚刘震或者其他人合适吗？让他接替工作，也折射出空军领导班子内部的问题。从吴法宪的回忆里不难看出，刘亚楼生前与几位副司令员的关系紧张。
1964年，空军作为全军学习的榜样，如何更好贯彻和继续下去，他认为吴法宪最合适。很多工作，吴法宪对自己是支持的，而且是一如既往。
吴法宪担任司令后，一直觉得几位副司令员不配合他的工作，甚至要把他从位置上拉下来的意思。
1966年随着大运动到来，其他单位都对《五一六通知》开会，刘震、曹里怀、王辉球等人对他提出怎么不组织学习、讨论、躲在外面不回来。说几个轰他，又说对自己上纲上线。他怀疑刘震等人已经酝酿好长时间了，想借助这件事，把自己拿掉。这很显然是吴法宪主观臆断，并不能说明什么。
此后的工作中，吴法宪认为成钧与自己关系不错，突然与自己保持距离，与刘震在站一起。又说刘震开会带头起哄，曹里怀、徐深吉、成钧，甚至连谭家述、常天地、 王辉球都跟了上来，让自己伤心。
吴法宪是一个什么类型的干部呢？对待上级是不得罪中，左右逢源。对待所谓“有问题”上级，狠狠踩上一脚，如对黄老的揭批，对朱老总的不尊重。
为何吴法宪被所谓“孤立”，他的办事能力不能说差，但也谈不上突出。在担任副政委、政委期间，他也知道司令员与几位副司令员之间的紧张关系，并没有起到一个沟通的桥梁。党委会上几位副司令向他反映司令员的工作上的方式方法需要改进时，他对刘亚楼避重就轻汇报，认为刘亚楼身体有恙，不易听到刺耳的话。
可以说他扮演的角色不是政委，而是秘书。
总之，他们几个领导给吴法宪的感觉，就是把自己孤立了。
他个人认为，常委的一些同志之所以要这样做，是有其它原因的。刘震是八届候补中央委员、上将军衔，而他却没有进入八届中央委员，并且只是中将军衔。如果从条件上来看，似乎应当由刘震来接任空军司令员。但后来事情的进展并非如此，对此刘震当然是不会中意的。
这显然是主观臆断，因为不仅仅是司令部的几位副司令员对他有意见，沈阳军区空军的黄立清、南京军区空军的聂凤智、广州军区空军的吴富善，成都指挥所的高厚良、武汉军区空军的傅传作、廖冠贤等也对他不中意。
这么多人对他不满，难道就因为别人的拉拢吗？显然不是这样的。也就是说他当这个司令员不是众望所归，如果不是有人在背后支持他，这个司令员能不能干还有未可知。
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