聚焦分享｜从多病原监测到高通量测序的意义

呼吸道感染是指病原体感染人体的鼻腔、咽喉、气管、支气管和肺组织等呼吸系统并引起相应症状，主要表现为发热、咳嗽、咳痰、呼吸困难等。除了流感外，其他多种病原体也能造成呼吸道感染，上呼吸道感染70％~80％由病毒引起，包括鼻病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒等，另有20％~30％由细菌引起。下呼吸道感染是由病毒、细菌、支原体、衣原体、军团菌等微生物感染引起，是最常见的感染性疾病。

呼吸道感染是临床的常见病，病人存在普遍的共感染/合并感染，单重/低重检测都无法实现准确检测。不同感染场所、不同季节性、不同年龄、不同基础疾病患者感染的病原体各不相同，如社区获得性呼吸系统感染的主要病原体为病毒、支原体、衣原体、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等，而医院获得性呼吸道感染的主要病原体为细菌，尤其是耐药性细菌，如铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌等。

近些年，随着检测技术的发展，特别是多重PCR技术和一体化检测技术的使用，呼吸道感染症候群检测（Syndromic Approachtesting）得到了快速发展。这种诊断方式不同于以往对可能的病原体单一靶向检测的模式，而是从患者的症状和表征出发，涵盖症候群感染相关的常见病原体组合，一份样品、一次检测就可以诊断或排除多种病原体，显著提高了诊断效率，有利于发现多病原混合感染的情况。

疾控系统在拿到一个来自哨点医院的流感样病例（ILI）和住院严重急性呼吸道感染病例（SARI）的时候，会对可能的病原体进行单一靶向检测，测几种出来发现都不是的话，可能就需要进行多病原筛查，而tNGS是用测序的方法做多病原，如果多病原也没有筛查出来的话，就可能会采用未知病原的方法检测。

多病原检测可以说是测序的前哨站，最后都需要用测序的方法来获得全基因组，拿到拿到它的病原谱。从多病原监测到测序的意义在于提升公共卫生和医学研究的能力，帮助更好地理解、预防和控制传染病的传播。

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可以早发现病原体：多病原监测通过同时检测多种病原体，提高了检测效率，能够在早期发现并诊断传染病，有助于及时采取干预措施。

识别共感染：这种方法能够识别一个样本中存在的多个病原体，从而更全面地了解患者的感染情况，有助于更准确的治疗方案制定。

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流行病监测：多病原监测有助于公共卫生部门实时监测多种病原体的流行趋势，提供预警信号，防止疫情的爆发和扩散。

病原体演变追踪：通过对病原体进行基因测序，可以追踪其变异和传播路径，为流行病学研究提供重要数据。

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病原谱分析：测序能够拿到病原微生物的全基因组，获得病原谱，提供丰富的数据，帮助研究人员分析不同地区和时间段的病原谱，研究病原体的多样性和分布。

新病原体发现：未知病原测序可以识别未知或新兴的病原体，促进新疾病的发现和研究。

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降低医疗成本：通过多病原筛查，实现精准检测和治疗，减少误诊和不必要的治疗，降低医疗成本。

社会稳定：及时控制和预防传染病的爆发，有助于维护社会稳定和经济发展。

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精准治疗：基因测序能够提供病原体的详细基因信息，帮助识别抗药性基因，指导个体化治疗，避免无效治疗和抗药性问题。

疫苗开发：了解病原体的全基因组特征，有助于开发针对性的疫苗，提高疫苗的有效性。对呼吸道进行多病原检测，并通过测序获得全基因组，拿到病原谱，将数据上传至省市传染病动态监测系统，通过系统、连续的监测，疾控系统可以掌握呼吸道传染病不同病原的流行特征和病原谱变化，以便及时调整防控策略，发布风险提示和监测预警。

总体来看，从多病原监测到测序的意义重大，不仅在疾病的预防和控制方面发挥关键作用，还推动了医学研究和公共卫生领域的发展，提升了全球应对传染病的能力。

本期编辑：木木

本文转载自：北京微未来