AI今年赢麻了!继两位人工智能(AI)先驱获得今年的诺贝尔物理学奖,人工智能蛋白质结构预测模型"AlphaFold2"今晚又赢得了1/2的2024诺贝尔化学奖。有评论认为,一次革命性的科研范式转换被诺奖委员会"盖章确认了",诺贝尔奖即将进入AI时代。
据瑞典皇家科学院消息,2024年诺贝尔化学奖一半授予华盛顿大学教授戴维·贝克,"以表彰其在计算蛋白质设计方面的贡献";另一半共同授予谷歌旗下DeepMind公司AI科学家德米斯·哈萨比斯和约翰·江珀,"以表彰他们在蛋白质结构预测方面的成就"。
20年"长跑"与革命性"临门一脚"
"AlphaFold"摘得诺奖,业界似乎早有预感,可谓众望所归。不过今晚诺贝尔化学奖揭晓那一刻,人们还是有些疑惑:为何列在首位、获得1/2奖项的成果是"计算蛋白质设计"?
"在蛋白质设计领域中,戴维·贝克是泰山北斗级的存在,他20多年持续进行着基础性开拓,使人类对蛋白质的理解与掌控,达到了前所未有的高度。"上海科技大学教授许文青介绍,戴维开发了一系列计算机方法,创造出许多以前不存在、具有全新功能的蛋白质,这在过去被认为是"不可能的事"。
要知道在AI介入之前,蛋白质的从头设计是一项极为艰苦、成功率很低的工作。不过在过去20多年中,结构生物学积累下了海量数据,为基于AI的蛋白质结构预测和蛋白质设计做好了"临门一脚"的铺垫。
2020年,"AlphaFold2"踢开了革命性的"临门一脚"。在上海科技大学iHuman研究所单一兵教授看来,这可以说是"天时、地利、人和"交汇的产物。通过精妙地深度学习多年积累的大量蛋白质结构和序列,这一AI模型在短短一两年内将蛋白质结构的预测准确率从不足40%提升到90%以上,几乎可以预测所有已知的2亿种蛋白质结构。
事实上,基于氨基酸序列预测蛋白质的三维结构,在很长一段时间被认为是"太阳底下最难的科学问题之一"。DeepMind公开了"AlphaFold2"的代码,至今已有来自190个国家的200多万人使用了它。以前要想获得蛋白质结构通常需要数年,而现在只需几分钟。
戴维的博士生、上海科技大学生命科学与技术学院研究员豆佳宜提到,"AlphaFold2"已经成为蛋白质设计工作中常用的科研工具之一,戴维的实验室也在用。许文青说,利用这一模型,蛋白质设计的成功率有了质的飞跃——现在从头设计蛋白质结构,针对想要的部分功能,每个项目总能挑出几个较好的设计进一步优化。
AI摘得诺奖,今年只是开端
自从"AlphaFold"问世,Deepmind公司的这一模型就被视为"AI for Science"的应用典范。
"蛋白质结构预测,可以说是分子生物学的一个‘圣杯’问题。"清华大学生命科学学院副教授张强锋认为,"AlphaFold2"是用AI端到端神经网络算法,在一定程度上解决了这一"困扰科学界50年的难题"。去年,"AlphaFold"开发者就获得拉斯克奖,说明它获得了科学界的普遍认可。
复旦大学复杂体系多尺度研究院院长马剑鹏教授表示:"我曾提出AlphaFold是诺奖级的贡献,但没想到这么快就获奖了。"在他看来,从2018年"AlphaFold"亮相,到"AlphaFold2"被美国《科学》杂志评为2020年十大科学突破之一,再到今年5月发布的"AlphaFold3",其每一次版本更新都可以说是诺奖级别的飞跃。尤其是"AlphaFold3",直接改变了上一代版本的核心架构,用"扩散模块"取代了上一代中非常重要的"结构模块"。
在许文青看来,即使发展到"AlphaFold3",将蛋白质与一些小分子、核酸的相互作用,乃至蛋白质修饰等功能加了进去,AI在抗体和药物设计、小分子动态模拟,以及在体复杂结构模拟等方面仍有较大发展空间。
张强锋认为,这恰恰体现出AI加速进入主流科学界的足迹——科学家正对AI提出源源不断的需求,"相信未来AI会成为科学探索的核心工具,也将会获得更多的诺贝尔奖,今年只是一个开端"。
执着于重要研究与大问题
无论是85后的约翰·江珀,还是年过花甲的戴维·贝克,在熟悉他们的人眼中,都具有专注而纯粹的特点。在科学的前沿探索中,这似乎是永不过时的品质。
过去20年,戴维每年都会在《自然》《科学》《细胞》上发表好几篇论文。许文青曾与戴维在华盛顿大学共事多年,每次经过他的办公室,经常会看到戴维想问题想到出神,"似乎永远专注在最重要的研究上"。
在豆佳宜心目中,戴维始终保持着"资深研究生"的学术年轻态,这或许是导师常年"高产"的秘诀所在——他不仅亲自带项目、做实验,还会为了课题向学生请教,"他很少出去开会,几乎天天能在实验室看到他,有空就喜欢去西雅图周边爬山,堪称那里的野营‘活地图’"。
约翰·江珀在本科刚毕业、攻读博士前,曾在位于纽约的德邵研究所工作了三四年,有一段在单一兵领导的项目团队中的工作经历。"他很安静,性格温和却很有想法。"单一兵觉得,江珀是那种"喜欢做大问题,一揽子解决所有问题"的科学家,"不得不说,哈萨比斯相当有魄力,敢于重用看起来无甚资历的年轻人,才使约翰能在短短几年中脱颖而出"。
当然,DeepMind的成功离不开谷歌人财充足的"大兵团作战"。马剑鹏认为,对于一项从0到1的基础研究,要给予充足的经费支持和发展空间。他表示,蛋白质预测领域目前展现出来的潜力是无穷的,一定要加大投入、久久为功。
作者:许琦敏
文:许琦敏 沈湫莎 图:诺奖官网 编辑:许琦敏 责任编辑:任荃
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