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西交利物浦大学学生团队连续十年参赛

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苏报讯(记者 袁艺 通讯员 寇博)近日,西交利物浦大学学生团队在法国巴黎举行的2024国际基因工程机器大赛(iGEM)中摘得一金一铜。今年的iGEM大赛吸引了全球400余支团队、5000余人现场参与。

西浦获得金奖和铜奖的学生团队分别为XJTLU-Software和XJTLU-CHINA。据悉,自2015年以来,西浦学生团队在历年iGEM大赛中共摘得六金三银一铜。

iGEM由美国麻省理工学院于2003年创办,现已发展成为全球合成生物学领域最具影响力的国际性学术竞赛。作为顶级的跨学科大学生赛事,它融合了生命科学、化学、数学、信息科学、工程学、计算机科学等多领域知识,吸引了包括哈佛大学、麻省理工学院、斯坦福大学、清华大学、北京大学在内的全球顶尖学府参与。

XJTLU-Software团队是在西浦慧湖药学院的支持下于2024年1月通过学生自主组队而新成立的团队,共由来自西浦慧湖药学院、理学院和数理学院的6位本科生组成,创队目标是致力于解决合成生物学中涉及的计算建模、模拟仿真和数据分析等问题,为合成生物学和iGEM社区提供全新的计算解决方案。

在老师的支持下,他们一边进行大语言模型和检索增强生成RAG系统等大量的自主学习,同时也在不断地挖掘AI医疗、生物部件库、工程化设计等值得投入的现实问题。最终根据实际需求并结合资源情况,XJTLU-Software将参赛项目定为“ChatParts”,即利用大语言模型优化iGEM parts数据库和创建整合了AI助手的线上论坛。

确定参赛主题后,面对iGEM历年赛事累积的庞大的生物部件数据库,XJTLU-Software团队制定了开发方案,即“收集必需数据→构建RAG系统和数据库→训练问答大语言模型→软件实现”。使用爬虫收集信息和脚本自动回答格式化问题,通过多周期的高质量数据收集评估、RAG系统与本地微调预训练模型的结合,XJTLU-Software最终完成了一个可回答合成生物学相关问题的“ChatParts”本地AI助手。这个软件源代码、数据、模型权重等已分享至Github、Hugging Face等平台,可进行进一步的开发和优化。

为了促进西浦师生在合成生物学领域的国内国际学术交流,西浦慧湖药学院不仅支持学生们组队参与iGEM大赛,今年还支持这两支iGEM学生团队一起承办了iGEM第十一届中国地区交流会。近千人出席会议,来自清华大学、北京大学、浙江大学、上海交通大学、复旦大学等高校的89支代表队与来自中国人民大学附属中学等高中的35支代表队,分享和展示iGEM参赛项目,与学术界和产业界的专家深入交流,激发创新火花。

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