上海
在生信分析中，我们有个口诀，“表达有差异，差异影响表型”，用来判断基因差异表达和与预后（生存参数）的关系。通常，基于公共数据分析，表达有差异，预后好或预后差的基因，我们都可以做，因为已经有很多文章，尤其是高表达预后差的基因。当然，的基因，的基因也可以做，都有文章发表。
另外，①肿瘤中表达没差异，预后没差异的基因，我们大概率不会做成生信课题。但比较棘手的是，②肿瘤中高表达，但患者预后没差异的基因，应该怎么办？以及③肿瘤中表达无明显变化，预后有差异，又该怎么办？
这次，我们主要回答果友关于“肿瘤中高表达但是预后没有显著性的基因”，应该怎么办？
2023年9月，Am J Cancer Res期刊上发表一篇题为High Mesothelin expression in pancreatic adenocarcinoma is associated with aggressive tumor features but not prognosis的研究论文，展示了高表达但预后没差异基因发文章的一种策略：那就是撇开临床表型（生存参数），关注细胞表型（增殖、耐药等）！ 2020年前后，纯生信文章套路就是这样。没有实验验证的结果，确实有待商榷，但这是时代的漏洞和局限，并不是造假。这篇文章的思路和策略，值得借鉴！
肿瘤中高表达，预后没差异。
Mesothelin 高表达与高增殖表型相关。
Mesothelin 高表达与免疫抑制相关。
Mesothelin 高表达与化疗敏感性增强相关。上述数据分析都是基于芯片数据或者二代测序数据展开的，也没有湿实验加持，有明显的局限性。但是，这篇论文为高表达预后没差异的基因找到了出口，那就是做细胞表型。其实很多基础实验室做课题通常并不care预后，只是高通量测序数据公开之后，大家才越来越关注预后这块了。
肿瘤的发展是一个多基因多因素相互影响的过程。单纯测序数据分析基因对预后没影响，但是有可能在某些药物治疗下就影响预后了；或者该基因和另外一个基因存在互作关系，在另外一个基因激活的情况话，这个基因就影响预后了。因此，当发现兴趣基因对预后没影响的时候，可以继续尝试做一些交互性分析。
在肿瘤分析当中，单纯分析一个基因的预后分析的话，很多网站都可以实现，如GEPIA。但是如果要进行交互性分析的话，多数网站就不行了。交互性预后分析网站——siGCD， 这个数据库可以分析基因、细胞以及药物之间相互性的预后分析。大家可以试试看~
https://ovidsp.dc1.ovid.com/ovid-new-a/ovidweb.cgi?T=JS&PAGE=fulltext&D=ovft&AN=00131198-202109000-00090&NEWS=N&CSC=Y&CHANNEL=PubMed
参考资料，仅用于学术交流。
1. https://mp.weixin.qq.com/s/k19tjNN3H6FtAc61qadD7A
2. https://mp.weixin.qq.com/s/VIOrYZOM95cAUH2wtkrCDA
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