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科普|基因里的微卫星是什么?它如何预判癌症风险?

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人造卫星是人类观测太空的“天眼”,传回坐标、气象等数据;一旦出现故障、信号错乱,地面指挥中心能立刻捕捉异常,预判风险。在我们人体的基因宇宙中,同样遍布着“基因卫星”——微卫星(Microsatellite, 简称MS),是预判癌症风险、指导治疗方案、判断疾病预后的“天眼”,能为人类的抗癌之战提供强大助力。

一、基因里的微卫星究竟是什么?

人类基因组总长超30亿碱基,浩如星海,每一颗恒星都代表着一个编码蛋白质的基因,而连接其间的广阔区域,则是不编码的基因间序列,散落着大量的MS。

MS由1—6个碱基重复串联而成,如同环绕DNA主链的小型轨道卫星,在正常细胞中长度稳定、周期规整;曾经很长一段时间,人们都觉得MS只是基因中毫无用处的,就像太空中漂浮的垃圾。然而,随着技术的飞速发展,人们惊奇地发现,当细胞内的“地面测控站”错配修复系统(MMR)彻底失灵,这些基因卫星便会频繁增减重复片段,出现微卫星不稳定性(MSI),并证实这是肿瘤发生、遗传疾病、免疫治疗疗效最精准的分子预警。

细胞的每一次分裂都要将整个基因组完整地复制一遍,就如同发射卫星前要完整复制一份航行图。在复制时难免会出错,MS是重复序列,如果复制时“打滑”,会导致原本要复制10次,却变成12次或8次,这时就得提到细胞内的MMR,它是由MSH2、MSH6、MLH1、PMS2四种蛋白组成的错配修复测控站,相当于太空卫星的地面指挥、校准、纠错团队。MSH2+MSH6相当于轨道巡查员,扫描所有MS,第一时间识别偏移、错位的卫星信号;MLH1+PMS2相当于维修工程师,接到巡查警报后,切割错误DNA片段、重新拼接修复,复原卫星标准轨道。

如果MMR本身出了问题,任一蛋白因胚系突变、甲基化沉默、后天损伤彻底失效,MMR地面测控站失去校准修复能力,这就是错配修复缺陷(dMMR),好比地面控制中心停电了,没法管复制错误的事情,MS的长度就会不断发生变化,忽长忽短,这就是“微卫星不稳定性”(MSI)。如果大部分MS都不稳定,就是微卫星高度不稳定(MSI-H);只有少数不稳定,就是微卫星低度不稳定(MSI-L);所有微卫星都稳定,就是微卫星稳定(MSS)。

二、为什么要给微卫星做“体检”?

检测MSI,本质上就是判断整个细胞的“控制系统”是否出现了故障,MSS表示所有卫星轨道无偏移,MMR运转正常;MSI-L表示仅1-2颗卫星轨道异常,MMR部分功能受损;而MSI-H则代表≥30%卫星集群轨道偏移,MMR完全瘫痪,细胞会走向癌变。癌细胞释放大量异常信号,“太空防御部队”免疫系统会据此精准定位病变细胞,清除病灶。所以说MSI检测太重要了,它是医生为患者选择免疫治疗方案的“精准导航图”。

林奇综合征是一种天生就带有MMR基因缺陷的遗传病,中青年即可高发结直肠癌、子宫内膜癌、胃癌等多种肿瘤。若能早期检测确诊MSI-H,医生就会建议他每年做一次肠镜,发现并切除肠道息肉,预防发展成晚期癌症。同时完善胚系基因测序,提前排查家族遗传风险,实现肿瘤早筛早防。

处于相同分期的结直肠癌患者,MSI-H患者的预后反而比MSS患者更好,生存期也更长。而且,这些患者对氟尿嘧啶类化疗药物并不敏感。所以,早期的MSI-H结直肠癌患者,术后其实不需要进行化疗,这样反而能避免化疗带来的副作用,既省钱又少遭罪。不做MSI检测,医生就无法给出最精准的治疗方案。

近年来,最热门的癌症治疗方法当属PD-1/PD-L1免疫治疗。怎么才能知道哪些患者适合呢?大量临床研究证实:无论是什么类型的癌症,只要是MSI-H,对PD-1免疫治疗的有效率就能提升到40%以上,比MSS患者高出好几倍。国内外CSCO、NCCN、ESMO等医学专业机构指南统一要求:所有晚期实体瘤、早期结直肠癌等常规开展MSI/MMR检测,作为免疫治疗用药的“准入通行证”。

三、如何给微卫星做“体检”?

就像我们观测太空卫星有两种方式:一种是直接在地面用望远镜观察卫星,另一种是通过卫星发回的信号来判断。对应到MSI检测上,第一种是免疫组化法(IHC),用于检测MMR蛋白是否缺失;第二种是聚合酶链反应法(PCR),直接检测MS片段的长度变化。

IHC好比我们直接去查看“地面控制中心”——MMR的四位“工作人员”:MSH2、MSH6、MLH1、PMS2这四个蛋白。正常情况下,四种蛋白的工作场所在细胞核,全部染色阳性,代表全员在岗(pMMR,MSS);如任意一种蛋白染色阴性,则代表该人员离岗,测控站瘫痪(dMMR,高度提示MSI-H)。这种方法操作简便、价格低廉,几乎所有医院病理科均可开展,是初筛首选。

PCR是检测MSI的“金标准”。分别提取患者正常组织、肿瘤组织DNA,扩增卫星片段后电泳对比片段长度。如果有两个及以上的位点出现变化,就判定为MSI-H;只有一个位点变化,就是MSI-L;没有任何位点变化,则是MSS。这种方法直接检测MS本身的变化,结果比免疫组化法更准确。

更先进的二代测序法(NGS)越来越受到青睐,一次就能检测几十个MS位点,准确度更高,就像直接用雷达扫描整个星空,所有卫星的位置和大小都能一目了然。还能同步叠加TMB、靶向突变、胚系突变等多重与癌症相关的基因数据,无需分多次进行检测,实现“一次检测,多重解读”。

四、微卫星的研究有哪些突破?

检测MSI需要通过穿刺或者手术切除获取肿瘤组织,如同必须回收卫星实体才能检测故障。很多晚期患者无法进行穿刺,或者获取的组织量不足。现在,研究人员已经能够通过检测外周血中的循环肿瘤DNA(ctDNA)来检测MSI,相当于地面远程遥感,对患者创伤小了很多,而且检测准确度已经和组织检测差不多了。而且还能动态监测MSI变化,这是组织检测无法做到的。

MSI-H的肿瘤能够产生更多的新抗原,很多新的免疫治疗方法,比如CAR-T治疗、肿瘤疫苗等,对MSI-H的肿瘤也有很好的治疗效果。现在,已经有针对MSI-H肿瘤的个性化肿瘤疫苗进入了临床试验阶段,初步结果显示,这种疫苗能够显著降低MSI-H患者术后复发的概率,对患者来说又是一个好消息。

林奇综合征患者在患上癌症之前,很早就会出现MSI的变化,可以通过粪便DNA检测来发现MSI的异常,无需进行肠镜检查就能完成筛查。研究表明,阿司匹林能够降低林奇综合征患者患上结直肠癌的概率,这也是基于MSI的研究结果。

综上所述,随着技术的持续发展和落地,这个曾经被认为是“垃圾序列”的MS,也将担起肿瘤精准诊疗的星际“天眼”重任,以微观基因的星轨秩序,破解宏观肿瘤疾病的生命难题。

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