11月4日,中国国民政府主席蒋介石夫妇在重庆国民党中央党部大礼堂举行茶会,欢送金九先生等韩国革命领袖回国。蒋氏在致辞时表示:“朝鲜不能告成独立自由平等,无异中国不能告成独立自由平等;朝鲜如不能独立,不特将妨碍中国独立,而东亚与世界之和平亦不稳固”,“国民党必用全力辅助朝鲜之独立”等。金九先生致答词表示谢忱.在此之前,国民外交协会、中韩文化协会等32团体以及中共驻重庆八路军办事处分别举行集会欢送韩国革命领袖归国。金九先生等临时政府成员出席,宾主频频举杯,殷殷话别。11月5日,金九先生一行29人分乘两架飞机前往上海,金九先生发表《致中华民国朝野人士告别书》,该文书回顾数十年中国朝野对于韩国独立运动的支持,称“似此义薄云天,是九等与吾韩三千万民众当永感不忘也”,“依依惜别之情绪,实非楷笔所能罄”,表示“更愿与贵国保持水远密切合作之精神”,“互相亲睦,于亿万斯年也”。
同日,旅居上海的韩侨6000余人在虹口公园尹奉吉烈士举义处举行大会,欢迎金九先生一行。7日,金九先生在上海发表书面谈话,称:第一次世界大战结束的时候,敝国临时政府在上海诞生;第二次世界大战结束的时候,这个政府的同人从重庆经过上海而就要回国,上海实为韩国独立运动的海外发祥地,表示临时政府对外要增进韩国与中、美、苏、英等同盟国家间的友谊,以便迅即履行为正义而奋斗的世界大家庭一员的义务;对内要加强统一团结,以便立即贯彻独立自由的目的等。
11月23日,经中国政府与美军驻上海总部联系安排,金九先生一行乘坐美军飞机,从中国上海江湾机场直飞汉城,结束了在中国长达27年的流亡生涯。
金九先生归国后的命运,如同他的祖国的命运一样,是十分悲哀的。
战后,韩国独立间题由于美、苏两国分别进驻朝鲜半岛的南、北部而趋于复杂化。1945年12月,美、英、苏在莫斯科举行三国外长会议,正式决定由四强托管朝鲜半岛。然而,由于美、苏冷战的影响和制约,四强托管朝鲜并未能够实际实施,经过韩国国内外各种政治势力错综复杂的较量和斗争,最终导致了朝鲜半岛的南北分立。
金九先生的一生始终为韩国的独立而奋斗。1947年他在《我的愿望》一文中,强调“我过去的70余年都是为这个愿望而活着,现在也是为这个愿望而生存,将来还要为实现这个愿望而活下去。”他旗帜鲜明地反对国际托管朝鲜,力主南、北各政党及各社会团体进行民主协商,通过全国普选,建立民主、独立的统一政府。为了谋求祖国的统一,他曾与金奎植联名致函金日成,建议召开南、北政党和社会团体代表协商会议,并越过“三八线”,抵达平壤,与金日成会晤,出席“南北联席会议”。会议抗议美、苏联合插手韩国问题,要求美、苏两国尽快撤离朝鲜半岛,让朝鲜人民在没有外来势力的影响下完成自己的建国任务。
可是,在美、苏冷战的大背景下,金九先生的努力并不能改变朝鲜的命运。国土两断、骨肉分离的局面终于形成。年愈七旬的金九先生,心中悲愤异常。他愤而退出政界,致力于“建国实践员培养所”的工作,把培养青年干部作为己任。
1949年6月26日,金九先生在自己的家中被韩国右翼分子安斗熙秘密枪杀,终年73岁。韩国人民为失去这样一位非凡的政治家而痛惜。7月5日,朝鲜南部各界群众云集于汉城西大门的京桥庄,将金九的灵枢送往孝昌公园墓地。1962年3月1日,大韩民国政府为了弘扬金九先生的民族正气和爱国精神,追授他“建国功劳勋章”一枚。中国人民也对金九先生怀有深深的敬意,90年代初上海韩国临时政府旧址正式对外开放,在接待室的正中置有金九先生的半身铜像,供中韩两国的参观者瞻仰。